用人单位存在克扣工资的行为，劳动者可以向劳动保障部门（劳动监察大队）投诉、举报；也可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
法律依据：
《劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《劳动保障监察条例》第十条 劳动保障行政部门实施劳动保障监察，履行下列职责：
（一）宣传劳动保障法律、法规和规章，督促用人单位贯彻执行；
（二）检查用人单位遵守劳动保障法律、法规和规章的情况；
（三）受理对违反劳动保障法律、法规或者规章的行为的举报、投诉；
（四）依法纠正和查处违反劳动保障法律、法规或者规章的行为。
第十一条 劳动保障行政部门对下列事项实施劳动保障监察：
（一）用人单位制定内部劳动保障规章制度的情况；
（二）用人单位与劳动者订立劳动合同的情况；
（三）用人单位遵守禁止使用童工规定的情况；
（四）用人单位遵守女职工和未成年工特殊劳动保护规定的情况；
（五）用人单位遵守工作时间和休息休假规定的情况；
（六）用人单位支付劳动者工资和执行最低工资标准的情况；
（七）用人单位参加各项社会保险和缴纳社会保险费的情况；
（八）职业介绍机构、职业技能培训机构和职业技能考核鉴定机构遵守国家有关职业介绍、职业技能培训和职业技能考核鉴定的规定的情况；
（九）法律、法规规定的其他劳动保障监察事项。
《劳动争议调解仲裁法》
第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
第五条 发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
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