1、确认收入和费用的标准不同
权责发生制按照收入已经实现和费用已经发生，并应由本期负担为标准确认本期收入和本期费用。收付实现制是按照收益、费用是否在本期实际收到或付出为标准确定本期收益和本期费用。
2、优缺点不同
权责发生制的优点是科学、合理、盈亏的计算比较准确，但缺点比较复杂。收付实现制的优点是操作方便，缺点是对盈亏计算不准确。
3、使用范围不同
我国企业都采用权责发生制，但我国的行政单位仍然普遍采用收付实现制。在同一期中，对于收入成本费用要按照权责发生制确认，但对于收到的政府补贴，税收返还一般要根据收付实现制，于实际收到时确认。
4、会计期末处理方法不同
权责发生制是本期的收入和费用以“应收应付“为原则入账，不论款项是否实际收到或支出。收付实现制则以”实收实付“为原则入账，已实际现金的收到和支付为衡量标准。
5、性质不同
权责发生制又称“应收应付制”。它是以本会计期间发生的费用和收入是否应计入本期损益为标准，处理有关经济业务的一种制度。
收付实现制在会计核算中，是以款项是否已经收到或付出作为计算标准，来确定本期收益和费用的一种方法。凡在本期内实际收到或付出的一切款项，无论其发生时间早晚或是否应该由本期承担，均作为本期的收益和费用处理。
举例说明两者的区别：
1、本期销售产品一批价值5000元，货款已收存银行。
这项经济业务不管采用应计基础或现金收付基础，5000元货款均应作为本期收入，因为一方面它是本期获得的收入，应当作本期收入，另一方面现款也已收到，亦应当列作本期收入，运用收付实现制与权责发生制计算的结果是一样的。
2、本期收到上月销售产品的货款存入银行。
在这种情况下，如果采用收付实现制，这笔货款应当作为本期的收入。因为现款是本期收到的，如果采用权责发生制，则此项收入不能作为本期收入，因为它不是本期获得的。
参考资料：
收付实现制是指实现收入和发生费用时，根据是否实际支付来做账。收到时作为收入，发生或支付时作为费用。例如：提前预付的账款，如果按照收付实现制的话，就应在收到钱时，作为收入入账。