弊端之一：组织机制障碍
随着
家族企业的成长，其内部会形成各类利益集团，由于夹杂复杂的感情关系，使得领导者在处理利益关系时会处于更复杂，甚至是两难的境地。企业领导人的亲属和家人违反制度时，管理者很难像处理普通员工那样一视同仁,这给企业内部管理留下了隐患。
家族式企业还有一个很普遍的特点就是，可以共苦但不可同甘，创业初期，所有矛盾都被创业的激情所掩盖，但创业后的三关?D?D分金银，论荣辱，排座次往往给组织的健康成长造成了阻碍。当对待荣誉、金钱和权利的看法出现分歧时，
亲兄弟之间、父子之间都可能出现反目现象。
弊端之二：人力资源的限制
家族式企业似乎对外来的资源和活力产生一种排斥作用。尤其是由于在家族式企业中，一般外来人员很难享受股权，其心态永远只是打工者，始终难以融入组织中。另外，由于难以吸收外部人才，企业更高层次的发展会受到限制。正如新希望集团总裁
刘永行所说：“家族企业最大的弊病就在于社会精英进不来。几兄弟都在企业的最高位置，外面有才能的人进不来，而且一家人的
思维方式多少有些类似，没有一个突破点。大家各有各的想法，要决策某件事就很难，容易耽误商机。”
弊端之三：不科学的决策程序导致失误
决策的独断性是许多民营企业初期成功的重要保证，许多企业家在成长过程中靠的就是果敢、善断，因为抓住了一两次稍纵即逝的机会而成功的。但是随着企业的发展，外部环境的变迁，企业主的个人经验开始失效，生意越做越大，投资的风险也越来越大，不像创业初期那样，一两次失误的损失还可以弥补回来。这个时候，保证决策的民主性、科学性就显得越发的重要。