《诸病源候论》在病因学说方面，有不少创造性见解，对有些疾病，突破了笼统的“三因”传统说法，丰富了祖国医学的病因学说。例如书中确认了疥疮等病的病原体。巢元方等通过临证认真观察，在前人基础上确认疥疮是因疥虫所致。书中把疥疮分为马疥、水疥、干疥、湿疥等类，指出：“疥者，有数种。……并皆有虫。”在叙述羌虫病时说：“熟看见处，以竹簪挑拂去之，已深者，用针挑取虫子，正如疥虫，著爪上，映光易见行动也。挑不得，灸上三七壮，则虫死病除。”可见对疥疮病原体及其传染性、好发部位，不同类型的临床表现特点及诊断要点、治愈标准等，都有了比较正确的认识，这比欧洲Linne氏在公元1758年关于疥虫的报告要早1000多年。尤其可贵的是强调“虫死病除”，把消灭病原体作为疾病治愈的标准，这无疑是一种进步的认识。