《诸病源候论》内容丰富，包括内、外、妇、儿、五官、口齿、骨伤等多科病证，对一些传染病、寄生虫病、外科手术等方面，有不少精辟论述，对后世医学影响较大。书中关于肠吻合术、人工流产、拔牙等手术的记载，都是世界外科史的首创，充分反映了当时的外科手术已经达到一定的水平。《外台秘要》、《太平圣惠方》等医著的病因、病理分析，大多依据此书。1949年后有影印本。
到了隋朝，中医学已经经历了1000多年的风雨，也在各个方面取得了突出的成就，每一门学说也各自有了专门的杰出著作。例如：医理与治法方面的巨著《黄帝内经》、方书之祖《伤寒论》、药学专著《神农本草经》等。至此，中医学在理、法、方、药等方面已具备了一定的规模，其学术体系也基本达到了全面和详尽的程度。中医理论方面的著作，大多是在汉代以前完成的，唯有病源学和证候学说方面的专著出现得较晚。直到隋代，朝中的太医博士巢元方率众编著了《诸病源候论》一书。至此，才完成了对这一重要学科的确立，并且对于中医极具特色的“病源学”和“证候学”进行了精细、准确的分类与描述，其内容十分周到、全面，以至于在其后的几千年中，该书仍是最完备、最详细的病因学和证候学专著。
《诸病源候论》是我国历史上第一部专述病源和证候的书，书中虽没有记载治法和方药，却有很强的资料价值，为医者的案头常备用书。书中记载了“疥虫”是疥疤的病源，它藏在湿疥的脓疤中，可用针头挑得，形似水中的蜗牛，其观察十分细腻，也是病因学说在形态学上的一大进步。书中对“绦虫”也进行了比较详尽的解说。其中讲道：寸白虫会一段段的增生，逐渐长大达四、五尺长，这与现代医学对绦虫的描述十分接近，并且指出了这种病的发生与食用未熟的鱼和牛肉有关。书中描写了“漆疮”，这是一种发生在对漆敏感的体质的人身上的米粒样的丘疹。当接触到漆以后，只有这类人身上会出现，而其他人没有，这也是最早的免疫学研究，可以说这时的病因学说，对于过敏的认识已经十分全面了。书中还对传染病，如肺结核、天花、脚气病等都有较详细的记载，甚至提到了妇女人工流产。在养生方面，也很有真知灼见：文中提出刷牙是保证牙齿健康的关键。甚至还描写了肠吻合手术的步骤、方法、缝合以及护理等。可见当时的外科手术也是比较发达的。
病源与证候是中医辨证处方的重要依据之一，该书内容丰富，描述详尽，分析准确，明确易懂，是一部不可多得的书。除此之外，《诸病源候论》还是一部记载了当时医学发展水平的重要著作，从该书所载的对于病因的认识方面的内容看，当时的医学对于疾病的认识已经达到了全面周到、分析透彻的程度。也许是受到了文化导向的影响，医学史上，多数医家更加重视对于理、法、方、药等方面的研究和著述，这方面的专著非常少。而《诸病源候论》内容的全面和周到恰恰弥补了这一空缺，直到今天的医学发展水平，它仍称得上是一部完备的好书。
