《诸病源候论》有一个明显的特点，就是一病一论的论述比前人增加了，而一证多病的论述减少了。这对深入研究不同疾病的病因、症状、诊断、鉴别等创造了有利的条件，促进了对各种疾病的深入观察和研究。巢元方等医学家通过自己的实践活动，补充或改正了不少前人在认识上的缺陷或错误，对我国医学的发展做出了贡献。他们敢于突破前人的定论，创造新的见解，追求实事求是和认真观察总结的作风，值得我们学习。当然，由于时代和实践领域的限制，他们在认识上仍然承袭了前人不少的错误，甚至还未能在前人的基础上彻底打破鬼神作祟的观念。同时，该书篇章浩繁，内容庞杂，屡有重复，也是不足之处。