农民战争的第三时期（1608～1615年）即从1608年底至1610年初是这一时期的第一阶段。在此之前，起义波及的许多城市仍未屈服。伪季米特里二世的军事胜利，他在起义初期进行的蛊惑性宣传和迎合广大人民群众要求的做法，以及进行改革和减轻压迫的许诺等等，促使农民战争向新的地区扩展。
1608年夏秋，农民和市民反对叔伊斯基政府和封建农奴制度的群众运动席卷中部各县的大部地区。1608～1610年俄国北部地区的农民开始了大规模的起义。激烈的阶级斗争发展到西北地区，在普斯科夫达到了白热化的程度，这里的社会下层纷纷起来反对地方政权、贵族和僧侣，并多次夺取政权。1608年夏，在大卢基和涅维利两县及其他地区起义者推翻了地方政权，消灭了许多封建主。1607年底，梁赞边区爆发了农民起义。在1608与1609年间的冬季和1610年，俄罗斯劳动人民和其他各民族的武装起义遍及伏尔加河流域的中部地区和伏尔加河中下游左岸森林地带。不论叔伊斯基政府，还是土希诺大本营对这些地区都缺乏有效的统治，这就有助于这些地区阶级斗争的发展。1608～1609年，哥萨克农民起义者的队伍在莫斯科附近进行活动。莫斯科市民1610年6月的起义导致了叔伊斯基政权的倾覆。
第三时期的第二阶段包括1610～1613年初的各个事件。这一阶段的特点在很大程度上是由公开武装干涉的开始以及伪季米特里二世实行的具有反民族性质的政策所决定的。在这种形势下，人民群众的社会积极性日益转向带有阶级倾向性的民族解放斗争的轨道。广大人民群众不仅反对干涉者及其帮凶，而且反对他们的封建农奴政策，特别是税收和土地制度。参加民族解放斗争和提出各种不同性质的要求的各种社会力量开始了阶级划分，义勇军各团体间的社会斗争反映了这一划分，并以这些团体同米宁和坡扎尔斯基领导的人民义勇军之间的矛盾的形式表现出来。
农民战争第三时期的第三阶段包括1613～1615年间的各个事件。这一时期，哥萨克、农民和农奴的武装斗争扩展到了南部各县。1612年夏，在扎鲁茨基队伍斗争的影响下，农民的骚动于1612年底～1613年春席卷了梁赞边区，而到1613年5～6月，就已蔓延到顿河上游地区。扎鲁茨基的队伍在遭到多次失败后，退到阿斯特拉罕，开始准备向莫斯科实施新的进军。但是，1614年春阿斯特拉罕发生的哗变，使得射击兵、部分市民和哥萨克转向政府方面，迫使扎鲁茨基退向雅伊克，扎鲁茨基的最后一些队伍于1614年夏在此被击溃，而他本人被俘。1614～1615年，对政府政策的不满而引起了北部地区、伏尔加河流域和中部地区的哥萨克、农民和市民的起义。起义者反对把哥萨克化的或者逃往城市的农民和农奴回归原来的地主，反对把皇室和国有土地大规模地分给领主，反对租税负担。只是到了1614年底，政府军才镇压了北部的起义，而起义者的主力直到1615年春夏才在莫斯科附近被击溃。