农民战争的第一时期1601～1603年遍及国家大部分地区的歉收、瘟疫和饥饿使极端贫困的农民、农奴大批逃往大城市和南部、西南部地区。这大大加剧了各种社会矛盾，成为农民战争的直接推动力。戈东诺夫政府尽管向莫斯科南部和西部地区派遣了庞大的讨伐队，并在1601～1603年制定的法律中对农民和农奴作出某些让步，但仍旧不能克服自然灾害造成的经济和社会恶果。
1603年夏，赫洛普卡领导的起义爆发。这次起义是农民战争第一时期的中心事件，也是这一时期的第一阶段。赫洛普卡领导的由逃亡农奴和农民组成的起义队伍一个时期活动在莫斯科附近。1603年9月，政府投入了巨大的兵力镇压起义队伍。在首都附近的激战中，起义者遭到了失败，致使运动一度处于低潮。然而，1604年秋，在科马里茨克、奥科连斯卡亚两省又爆发了农民起义，这次起义在时间上与伪季米特里一世的冒险行为一致，成为农民战争第一时期的第二阶段。借称为王者伪季米特里对人民群众的许诺及其部队中扎波罗热、顿河哥萨克数量上的优势，使国家西南部和南部边陲人民反对波利斯·戈东诺夫政府的起义在剑拔弩张的社会气氛中得到了加强。
在哥萨克队伍积极活动和市民、农民、军职人员、部分地方贵族起义的过程中，契尔尼哥夫、普季夫尔、库尔斯克、克罗梅、别尔戈罗德以及伏尔加河流域诸城的居民都归附于他们。广大人民群众的阶级斗争使在多布雷尼奇会战中获胜的、但最终未能扩大这一战果的庞大政府军陷于瘫痪。
到1605年春，运动蔓延到奥卡河以南包括伏尔加河流域在内的所有地区。1605年5月，在政府军中服役的差丁在克罗梅附近哗变，引起了军队的瓦解，而莫斯科市民的起义使戈东诺夫政府于1605年6月1日倾覆了。于6月20日进入莫斯科的伪季米特里一世执掌了政权。起义者认为，随着政权由“非法沙皇”手里转归伪季米特里，他们的社会地位将得到改善，但这些希望都落空了。伪季米特里一世与波兰的关系也恶化了。内外政策的危机导致了以叔伊斯基公爵为首的贵族策划了夺权的阴谋。结果，伪季米特里一世在莫斯科人1606年5月17日举行的人民反波起义中被打死。叔伊斯基登上了王位。