第九章 财务监督规定，各级农业综合开发管理部门和建设单位需对资金的筹集、管理和使用实施严格的监管。他们有权委托社会中介机构参与监督，以确保农业综合开发资金的专款专用，并提升资金使用效率。这其中包括与审计部门和财政监督机构的紧密合作，定期进行资金检查审计，以确保财务活动的透明度和合规性。
对于任何违规行为，如截留或挪用农业综合开发资金，必须立即纠正，并依据相关法规进行严肃处理。这体现了对财经纪律的严格坚守，不容任何违规行为的发生。
为了增强公众监督，第五十七条规定了土地治理项目的资金公示制度。在项目申报、实施和竣工验收的各个环节，项目资金的筹集和使用情况将通过适当的方式公开，公开的内容会涵盖项目所在地乡（镇）、村，以便接受广大村民的民主监督，确保项目的公开透明和公正性。
《农业综合开发财务管理办法》于2006年7月27日由财政部以财发〔2006〕39号印发。该《办法》分总则、财务计划管理、资金筹集、资金使用和支出管理、工程成本管理、资产管理、负债管理、净资产管理、财务监督、财务报告和财务分析、附则11章63条，自发布之日起执行。原《农业综合开发财务管理办法》（财发〔2000〕57号）同时废止。