格物致知与知行合一的中心思想有一些不同。
格物致知是中国古代儒家思想中的一个重要概念，乃儒家专门研究事物道理的一个理论，已失佚，源于《礼记‧大学》八目——格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下——所论述的“欲诚其意者，先致其知；致知在格物。物格而后知至，知至而后意诚”此段。但《大学》文中只有此段提及“格物致知”，却未在其后作出任何解释，也未有任何先秦古籍使用过“格物”与“致知”这两个词汇而可供参照意涵，遂使“格物致知”的真正意义成为儒学思想的难解之谜。《现代汉语词典》2012年发行的第六版将“格物致知”解释为：“推究事物的原理，从而获得知识。”
知行合一，是指客体顺应主体，知是指良知，行是指人的实践，知与行的合一，既不是以知来吞并行，认为知便是行，也不是以行来吞并知，认为行便是知。是明朝思想家王守仁提出来的。谓认识事物的道理与在现实中运用此道理，是密不可分的一回事。是指中国古代哲学中认识论和实践论的命题，主要是关于道德修养、道德实践方面的。中国古代哲学家认为，不仅要认识（“知”），尤其应当实践（“行”），只有把“知”和“行”统一起来，才能称得上“善”。致良知，知行合一。是阳明文化的核心。先有致良知，而后有知行合一。
知行合一是一个辩证统一哲学关系。没有格物致知的过程，就没有知行合一的效果，同时知行合一又会进一步的丰富格物致知的内涵，使“知”更加丰富、更加理性，更加逼近事物的本质，提示出事物的本质属性，使下一步的“行”更加有一个好的结果。
王阳明继承陆九渊强调“心即是理”之思想，反对程颐朱熹通过事事物物追求“至理”的“格物致知”方法，因为事理无穷无尽，格之则未免烦累，故提倡“致良知”，从自己内心中去寻找“理”，“理”全在人“心”，“理”化生宇宙天地万物，人秉其秀气，故人心自秉其精要。在知与行的关系上，强调要知，更要行，知中有行，行中有知，所谓“知行合一”，二者互为表里，不可分离。知必然要表现为行，不行则不能算真知。
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