1. 理顺组织权责体系，建立基本的制度流程，保证各项工作有序进行。
有些企业管理基础薄弱，比如组织分工不清，职责交叉或缺失，权责不一致；或缺少规
范的管理制度和流程，流程不顺畅。这些基础性工作没有做好，会导致阿米巴经营者和各职能部门权责边界不清，工作缺乏流程和标准，对阿米巴业务运行产生很大的影响。只有权责理顺了，制度健全了，流程顺畅了，阿米巴才能得以高效运行。
2. 加强运营管理，保证计划有序、高效执行。
有的企业运营管理比较混乱，总体运营效率很低。体现在计划不准甚至缺失，执行力低下，计划按期完成率连50%都不到，生产、物料、品质和费用等数据无法准确统计，都是一笔笔糊涂账，使“阿米巴模式”实施成了无米之炊。在推行阿米巴过程中，需采取措施强化运营管理，加强计划性和执行力，方能保证阿米巴取得好业绩。
3. 重视经营人才的选拔和培养，为阿米巴配备合适的带头人。
在科层制条件下，管理者大多是按职责分工负责某方面的工作，各司其职、各尽其责，很少以经营者的思维去全面考虑组织的运行。而阿米巴巴长的角色和工作内容与之前截然不同，作为自主经营者，不仅要考虑收入，更要考虑成本、费用和最终利润，对其知识、经验和能力提出巨大挑战。在推行阿米巴模式时，企业经常会发觉真正具有经营才能的人很少，这时就需要选拔有潜质的人才，加强锻炼和培养，使之尽快成长为优秀的经营人才。
某集团在推行阿米巴模式时，选拔的巴长原来在营销、工程、技术等方面都是优秀的人才，当他们作为总负责人独立经营一个项目时，由于缺乏经验和经营能力明显感到吃力，项目在实施过程中也出现了一些问题和矛盾。集团认识到了这个问题，采取了多种措施对巴长进行培养。经过一年多的探索、学习和磨合，多数巴长都初步具备了经营者的能力，阿米巴的运行也逐步走向正轨。
4. 老板和高管对阿米巴经营者要充分信任、授权，树立利益共享的理念。
推行阿米巴模式，目的是激发员工的潜能和动力，培育一个个自主经营体，共同把事业做大。这要求老板和高管应视员工为事业合伙人，对员工充分信任、放权、让利。如果老板和高管层本身没有大的格局，只是把阿米巴看做企业最大限度赚取利益的手段，对员工不信任、不愿授权，员工没有足够的权力经营好阿米巴；视员工为打工者，不舍得让出利益，员工就没有足够的动力把阿米巴视为事业来经营。
5. 做好阿米巴经营哲学的宣贯学习，对阿米巴经营目的达成一致。防止以自主经营的名义，各自为政，造成目标不一致、工作割裂。
阿米巴并非是分权和割裂，其根本目的是通过各个阿米巴自主经营，提升业绩，实现企业的共同目标，所以更需要各巴和职能部门的相互配合。
某制造企业推行阿米巴经营，建立了多个生产、销售阿米巴，但由于大家没有真正理解阿米巴经营哲学，各巴只关注自身经营，目标不一致，导致库存激增、质量问题增多、客户满意度下降等问题。后来企业意识到了这个问题，通过组织阿米巴经营哲学的学习和讨论，各巴长对阿米巴经营根本目的达成了一致，各部门目标一致、高效配合、全力协作，企业的整体业绩得到很大提升。