1．明确企业的经营策略
经营策略是企业根据迅速变化的市场环境做出的战略、战术展开的判断，关乎企业的长久生存、阶段性目标的实现。
经营策略决定经营体制，阿米巴经营也是为了实现经营的目的。因此任何企业都不能照搬他人的阿米巴经营模式，而要量身定制。在企业推行阿米巴经营前，清晰经营策略显得尤为必要，否则之后的阿米巴经营推行工作就不能做到有的放矢，在方向策略不明确的情况下甚至做得越多错得越多。
2．贯彻经营哲学
经营哲学的贯彻，应遵循“涟漪原理”：首先是高层统一思想和基本经营原则，再由高层向中层传播，最后再到基层。
对经营哲学的学习是运行阿米巴的开始，但这个开始并不像开汽车，上路前加满油发动引擎，就可以长时间持续自动运转。对哲学的学习像骑自行车，踩动踏板才能促使车轴滚动，之后这个动作还将持续，否则车身也会“停步”。在企业的经营活动中，就需要不断地踩下哲学这个“踏板”，让经营哲学与经营实践相结合，当员工通过经营业绩感受到哲学的作用之后，就会由不动，到激动、感动，到自觉行动。
3．构建阿米巴组织体系
从宏观到微观阿米巴的组织体系可以分为：整个企业、事业部、SBU/部门、工段工序等不同层级水准的阿米巴。因此，首先必须设置好事业部、部门等大阿米巴，再进行细分组织方可起到有效作用。
推行阿米巴的初期，不宜将公司组织划分得太细。因为要对每个阿米巴单元进行独立核算，则必然涉及与相关阿米巴单元的定价问题，再加上每个阿米巴单元需要根据市场情况进行不断的重组或合并等，其协调过程是比较繁琐的，还有企业人才是否充足等因素。因此，阿米巴经营模式的推行是一个由“粗”到“细”的过程，欲速则不达，在刚开始一定要量力而行。否则其内部交易运作成本就大于总体收益，这样就得不偿失了！
4．展开授权经营
授权分三步走，首先要识别和任命阿米巴单元的巴长，然后搭建赛马平台。
“巴长”作为阿米巴单元的最高领导，在选拔时，应该考虑其作为领导的才能是否具备。熟悉阿米巴经营的运作却没有领导才能的人，可能更适合做助理。在选拔巴长的过程中，除了业务能力之外，还需要考察候选者的以下根本性的资质，例如：
在授权的形式上，阿米巴采取的量化授权形式。
不同于传统流程化的分权形式。量化分权是通过事前的周详计划、事中高效的绩效管理、定期的绩效评价和改进，实现完整授权。授权必须以年度经营计划为前提，同一个阿米巴单元的巴长候选人的选取，应该从计划发表会开始，即同级别候选巴长同时发表下一年的年度经营计划方案，由上级阿米阿巴巴长和所属阿米巴单元的巴员进行评定，择优任命。主要参考评定要素为：往年度业绩、现在能力、未来潜力、巴员的认同度等。
5．开展独立核算
开展独立核算的第一步是导入经营会计。
这门工具使各种报表中的数据变得一目了然，极大方便了内部交易，同时也使得各个阿米巴单元对自身的经营状况了如指掌，最终促成整个阿米巴体系的循环改善。
实行独立核算，还必然涉及到阿米巴单元之间的定价管理。定价的基本标准是通过产品最终的售价来倒推或其他的办法来确定各个阿米巴单元的产品价格，具体涉及到经费的支出、劳动力支出、技术难度、市场平均行情等等，此外，还涉及到费用分摊的问题。
此类工作千头万绪，需要熟悉经营知识和市场情况的高层经营者来保证定价的公平与合理性，贯彻经营理念。
6．建立制度保障体系与循环改善体系
循环改善体系是阿米巴能够最终获得成功的保障，若非如此就无法实现从粗放型阿米巴经营到精细的阿米巴经营的飞跃。即使已经完全实现了阿米巴经营，企业也需要跟随世界的经济潮流和科技的进步而不断进步，这样才能不被淘汰。关于循环改善体系的建立，将在下一节详细叙述。
阿米巴经营的导入是企业的重大体制改革。改革是挑战，更是机遇，理解阿米巴经营推行的正确步骤，展开合理的方案推进策划是改革成功最关键的第一步。