河豚鱼体内的毒素并不是它自己产生的，而是由寄生在它体内的细菌分泌出来的。除了河豚，在一些蛙类、螺类和红藻等体内都有河豚毒素，这些毒素也是细菌分泌的，而这些细菌，则是通过食物链进入到生物体内的。细菌越多，分泌的河豚毒素也越多。
人工养殖的河豚，可以通过控制食物，减少河豚鱼体内的细菌，来降低毒性。日本研究发现，河豚毒素只有与某种蛋白质结合时，才会引发中毒，而人体内正好有这种蛋白质。
河豚鱼体内的毒素分布并不均衡。卵巢和肝脏是河豚鱼最毒的部分，其次是内脏、肾、血液、眼睛、腮和皮肤。若河豚鱼用来食用，最让人担心的是残留在河豚肌肉内的血丝。
毒素也与河豚性腺的发育有关，每年2月至5月是河豚鱼的繁殖期，这时毒性最强。
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