如果由于土地存在争议、纠纷等问题导致土地未能确权登记，待争议解决之后，将可以进行确权登记。 但如果是存在以下三类情况，将不予确权，土地将会被收回： 1、未经许可开荒的土地 目前农村的开荒土地主要分为经过许可开荒和未经许可开荒，主要是以开荒土地时是否获得农村集体组织或者当地政府部门的许可为依据，经过许可开荒的土地将与承包地一样确权登记给开荒者。 而未经许可开荒的而土地，则不予确权，原则上交予开荒者继续使用，待农村集体组织有其他规划，则会收回其使用权。 2、违法占用耕地、基本农田作为 宅基地 建房 农民朋友修建房屋，必须获得 宅基地使用权 证书，如果确权此项证书则属于违规违法建房，如果是滥用耕地、基本农田，则不予确权登记，还将会被农村集体组织收回，重新分配。 3、废弃、闲置宅基地 此类宅基地也将会被农村集体组织收回。
土地登记规则（修正）第二条 土地登记是国家依法对国有土地使用权、 集体土地 所有权、集体土地使用权和土地他项权利的登记,本规则所称土地他项权利，是指土地使用权和土地所有权以外的土地权利，包括 抵押权 、承租权以及法律、行政 法规 规定需要登记的其他土地权利,土地登记分为初始土地登记和变更土地登记。初始土地登记又称总登记，是指在一定时间内，对辖区全部土地或者特定区域的土地进行的普遍登记；变更土地登记，是指初始土地登记以外的土地登记，包括土地使用权、所有权和土地他项权利设定登记，土地使用权、所有权和 土地他项权利变更登记，名称、地址和土地用途变更登记，注销土地登记等。