原因很简单，就是让那些信仰洪秀全的”教徒“们清醒一些，你们所信仰的”真命天子“只不过是一盘肉酱。
曾国藩打败天平天国后，就命人到处搜寻洪秀全的尸体。经过士兵们多方搜寻，最终找到洪秀全的尸体。
曾国藩在日记中这样描述眼前的尸体，“胡须微白可数，头秃无发，左臂股左膀尚有肉，遍身用 黄缎绣龙袍包裹。”
找到洪秀全的尸体后，曾国藩命人将尸体剁碎，放置大炮当中，一炮发向天空中。曾国藩之所以这么做，就是在用洪秀全的尸体向众多的“教徒”和天下人证明，洪秀全所有的理论都是错误的，他并不是神的儿子，只不过也是一具肉体凡胎，也顺便警告后人不可以做“洪秀全”，做“洪秀全”的下场是很惨。
洪秀全从开始到最后都是以“神”的名义自居，动不动我是上帝的儿子，要不然就是神化身。洪秀全建立神教来蛊惑人心谋反，他反对孔孟之道、视孔孟之道为异教、焚烧四书五经等。
作为孔孟弟子的曾国藩怎能不生气，他把洪秀全的尸体剁碎，更多的是在为“孔孟之道”平反，为天下学子洗白，还天下人一个正确的信仰之道，不再被“邪教”所迷惑。
曾国藩和洪秀全并没有什么私人恩怨，虽然两个人在战场上也是相互对战很多年，但是都是以公事为基础，两个人是没有任何的私人交集，曾国藩之所以这么做，就是为了公事，并非私事。
曾国藩这种做法看起来有些残忍，但是他的这种做法很好的向“教徒”们和天下人们证明了洪秀全从开始到最后都是错的，我们应该要反对邪教。
提起曾国藩，我们都是非常熟悉的，但是像这样一位不朽的名将在处理洪秀全的尸体是选择最残忍的方式，这让很多人都大惑不解。在当时湘军攻入南京城后，屠城后大家没有发现洪秀全的身影，而在几天后才从一位宫女那里获得，知道了洪秀全已经死去十多天了，并且在宫女的引导下他们找到了洪秀全的尸体。
而曾国藩做梦也没有想到，自己的对手竟然以这样的方式和自己相见，当时他好像在自己日记中还描述了眼前的尸体。而在他确认了尸体是洪秀全后，他先将尸体火烧后，命人将遗骸剁碎拌入火药，装入大炮，最后发射升空。而曾国藩用这样的方式对待一个已死之人，实在是令人细思极恐。
而有人的观点则是认为曾国藩这是为了报复当年被逼的跳水的一副小人得志的模样。还有就是在曾国藩看来，如果不将洪秀全挫骨扬灰，总会有无数个像洪秀全一样的人站出来，那么清朝将永无安宁之日。
还有这是因为这么烦始终遵从的是儒家思想，他认为洪秀全所创立的拜上帝教是邪教，必须从最根本上铲除他。于是曾国藩就这样对待了洪秀全的尸体。
并且拜上帝教全盘否定了儒家思想。洪秀全当时还会说还有说拜上帝会所宣传的上帝是争取解放革命农民的化身，这是曾国藩万万不能接受的可能，也是曾国藩将洪秀全挫骨扬灰的最重要的原因。
本回答被网友采纳即是在否定洪秀全，也是在否定拜上帝教。曾国藩与洪秀全是老对手。自从太平天国起义之后，曾国藩的湘军就与太平军对战了多次，曾国藩对洪秀全这个对手应该是非常恨的，他曾经被逼投水，肯定一直想要除掉洪秀全。而在太平天国起义的最后，大清朝获胜了。曾国藩带着大军攻入了天京，但是一直找不到洪秀全，在一名宫女的口中，他才发现了洪秀全的尸体。
将洪秀全挫骨扬灰。曾国藩找到洪秀全的尸体之后，先是用火烧，然后将他的遗体碎片放到火药中，再用大炮炸掉。对待一个已死之人，是不是太过残忍呢？可是曾国藩却大大方方做了，似乎这样就可以消灭掉洪秀全。这种做法让洪秀全死无全尸。古人对死者是很尊重的，如果不入土为安，说明这个死者就无法轮回。曾国藩这是让洪秀全永永远远地消失，他这么痛恨洪秀全又是为什么呢？
无法认同洪秀全，更无法认同拜上帝教。曾国藩是清朝的官员，在他们看来，洪秀全虽然打着农民起义的旗号，却与一般的农民起义不同。他不止获得了非常多的拥护者，还数次打败了清朝的军队，简直是个大祸害。同时他还宣扬了所谓了民主、平等，这在统治者看来更是不可思议，与封建等级完全是相反的。曾国藩更怕有更多的人，学习洪秀全来反抗大清朝，这样的战乱清朝根本就熬不起。
综上所述，曾国藩将洪秀全挫骨扬灰是为了警示那些平民，学洪秀全起义的下场就是这样，而且他也是在否定洪秀全的人人平等的思想，否定拜上帝教。洪秀全对大清朝带来的撼动，不止是军事与战乱，更多的是他的平等思想。大清朝是不可能让这种思想存在的，这会摧毁清朝的统治。