1、生活水平的区别
棚户区:城乡接合部，尤其是远郊区，由于实际地价低，当地户籍居民投资少，出租屋更为简陋，楼房很少，常常就是棚户，由此在一些大城市的“城乡接合部”往往形成一条“棚户地带”。同为租户，与“城中村”的租户相比，这里的“外地”租户居住条件更差。
我国目前农村环境问题日趋严重，农村居民的生产、生活安全受到了很大威胁。这些问题突出地表现为：
(1)生态环境破坏严重。由于受自然和人为两方面因素的影响，农村当地局部生态平衡遭破坏，进而在整体区域范围内造成生态功能失调，生态调节作用减小，各类自然灾害频发。
(2)农业污染加剧。在农业生产过程中，由于不合理使用农药、化肥、地膜等化学投入，造成严重的地面污染，不仅导致农作物减产、农产品品质下降，而且对土壤、水、生物、大气和人体健康造成严重危害。同时，规模化畜禽养殖业的废弃物对农村环境的污染也越来越严重，极大地影响农村居民的日常生活。
(3)居民生活污染严重。随着农村居民生活水平的提高和生活方式的转变，农村生活污染由分散走向集中，各种问题日渐严重。主要表现在：农村生活垃圾数量增多，而且几乎全部露天堆放，没有进行有效处理.
2、背景的区别
截至2012年9月，中国有超过1200万户城镇低收入和少量中等偏下收入家庭居住在棚户区中。此外，中国各地还有不少“城中村”、城镇危旧房。棚户区房屋破旧拥挤，厨卫设施不全，有的甚至存在安全隐患。
1950年后规定，不论其是否组织成自治单位，凡人口在2500人以下或人口在每平方英里 1500人以下的地区及城市郊区都算作农村。欧洲各国一般以居住地在2000人以下者为农村。 在中国没有直接规定“农村”这一统计指标的口径，仅规定了“市镇总人口”和“乡村总人口”这两个人口统计指标。
3、土地性质大的区别
其实农村和棚户区最大的不同还在于两者本身的土地性质的不同。
农村土地性质划分如下：
（1）耕地包括水田和坡地,是可以种植作物的土地。
（2）林地是指种植树木或其它经济作物的坡地。
（3）宅基地是指不占用耕地和林地,规划分配给村民建造民宅的土地。
（4）荒地是指不能种植农作物,也不能种植经济作物或者种什么也不长的土地。
棚户区改造则与之不同，因为棚户区本身的土地性质就属于国有土地，在此进行的改造其房子产权一般即为大产权，国家会发放的土地使用证和预售许可证，购房合同国土房管局也将会给予备案。外来居民购买棚户区改造的房子也不用担心产权问题，可以领到大红本，日后房子也可以进行买卖和转让。
参考资料来源:百度百科-棚户区改造
参考资料来源:百度百科-农村
城中村：由于已经处于都市化地区，实际地价已很高昂，为了尽可能提高房地收入，当地户籍居民建造的出租屋往往是高度密集的简易楼，楼高可达十多层，而其密集程度则被人称为“亲嘴楼”。这样楼房林立的聚落类型看上去远比通常所说的棚户区“现代化”。而这些楼房的主人虽然户籍上是“农民”，在面临强制拆迁时也可能是弱者，但他们与数量多得多的贫困租户相比不是一个档次，甚至与“市民”相比，他们的房租收入也令人羡慕，以至于改变他们的“农民”户口反而常常要实行强制。而且伴随着城中村改造，很多村民能得到大量的补偿，往往就是百万富翁诞生的摇篮。所谓矮穷挫一夕变身高富帅，根本不是梦想。
棚户区:城乡接合部，尤其是远郊区，由于实际地价低，当地户籍居民投资少，出租屋更为简陋，楼房很少，常常就是棚户，由此在一些大城市的“城乡接合部”往往形成一条“棚户地带”。同为租户，与“城中村”的租户相比，这里的“外地”租户居住条件更差。与往往同为“农民户口”的城中村房主相比，则这些租户不仅住得差，而且身份也更为卑下。而与“合法棚户区”的市民相比，他们由于没有“棚户居住权”，更是明显的处于更为弱势的地位。换言之，在“租户”、“农民户口”和“棚户居民”这三重身份中，他们的地位都是最低的。
2.土地性质大不同 改造后房产境遇两重天：
其实城中村和棚户区最大的不同还在于两者本身的土地性质的不同，城中村属于城市中的农村，其土地性质本身是属于集体土地的！而棚户区在太原主要是西山矿区，东山地区，太钢周边地区。国有大型老厂矿周边和城中村是改造的重点地区等等。这些土地一般均为国有土地。
因此同为改造，城中村改造和棚户区改造的最大区别就在于，城中村改造的土地很多是在农民集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，所以叫做“乡产权”，又叫“小产权”。这种房子对于城中村本身的居民是无伤大雅的，但是对于外来购买居民则是大忌，因为没有产权，无法卖出和转让，就变得十分不靠谱。
但是棚户区改造则与之不同，因为棚户区本身的土地性质就属于国有土地，在此进行的改造其房子产权一般即为大产权，国家会发放的土地使用证和预售许可证，购房合同国土房管局也将会给予备案。外来居民购买棚户区改造的房子也不用担心产权问题，可以领到大红本，日后房子也可以进行买卖和转让。
注：城中村——从狭义上说，是指农村村落在城市化进程中，由于全部或大部分耕地被征用，农民转为居民后仍在原村落居住而演变成的居民区，亦称为“都市里的村庄”。从广义上说，是指在城市高速发展的进程中，滞后于时代发展步伐、游离于现代城市管理之外、生活水平低下的居民区。
棚户区——棚户区是指城市建成区范围内、平房密度大、使用年限久、房屋质量差、人均建筑面积小、基础设施配套不齐全、交通不便利、治安和消防隐患大、环境卫生脏、乱、差的区域。本回答被网友采纳