法院查封的财产灭失的责任追究问题，要看财产灭失的原因，谁有过错谁负责，如果法院存在过错也不排除由法院承担责任。都没有过错的自然灭失，不存在责任主体。
对于被法院查封的财产，法院可自行保管也可委托他人保管，若是由于保管人的过错财产被盗的话，属于过失侵权行为，所有者可向其主张赔偿。
《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定》
42．被查封的财产，可以指令由被执行人负责保管。如继续使用被查 封的办产对其价值无重大影响，可以允许被执行人继承使用。因被执行人 保管或使用的过错造成的损失，由被执行人承担。
43．被扣押的财产，人民法院可以自行保管，也可以委托其他单位或 个人保管。对扣押的财产，保管人不得使用。
44．被执行人或其他人擅自处分已被查封、扣押、冻结财产的，人民 法院有权责令责任人限期追回财产或承担相应的赔偿责任。
《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》
第十二条 查封、扣押的财产不宜由人民法院保管的，人民法院可以指定被执行人负责保管；不宜由被执行人保管的，可以委托第三人或者申请执行人保管。
由人民法院指定被执行人保管的财产，如果继续使用对该财产的价值无重大影响，可以允许被执行人继续使用；由人民法院保管或者委托第三人、申请执行人保管的，保管人不得使用。
第二十四条 查封、扣押、冻结的财产灭失或者毁损的，查封、扣押、冻结的效力及于该财产的替代物、赔偿款。人民法院应当及时作出查封、扣押、冻结该替代物、赔偿款的裁定。