在阿米巴运营方式下，企业组织随外部环境变化不断调整状态，以适应市场的变化。
香港人文比佛利总结出：阿米巴运营主要有以下四个步骤
第一步，先成立阿米巴运行委员会，阿米巴运行委员会负责推进以及协调，负责阿米巴经营外的事情，如决定成立几个阿米巴，选取各个阿米巴领导人，如阿米巴之间的横向交流则由副委员长负责；秘书长负责组织日常会议。
第二步，界定阿米巴之间的对接事项。一件事情可能几个部门都可以完成，需要事先界定好由谁负责。在划分阿米巴之前，应该细细罗列，并制定相应的对策，分工到位，那么阿米巴在运行过程中就能避免很多因权责模糊而产生的纠纷。
第三步，确定阿米巴领导人的权限（决策权）。如人事组织权限、财务权限、业务权限等。
第四步，循序渐进地推行阿米巴经营。在导入阿米巴经营模式的过程中，通过成立阿米巴运行委员会，在理清阿米巴委员会架构后，再进行全员参与阿米巴学习，然后在成功率高的部门试推行阿米巴，然后其他部门陆续推行。