第1个回答 2017-02-17
众所周知日本自飞鸟时代开始派遣遣唐使全面学习唐朝的经济文化政治等诸项制度，并且在本国创立了以班田制为基础的律令制度。然而在公元九世纪，唐朝因为潘镇割据和农民起义而走向衰落，随后同样的问题在日本重演，不堪重负的农民纷纷放弃土地而逃亡（当时天皇的统治仅限于平安京附近，九州四国，奥羽等地仍然是化外之地），大和王国的税收随之崩溃，政府不得已颁布了“三世一身法”，部分承认了土地私有合法性，然而收效甚微。于是在公元743年，圣武天皇将“三世一身”改为“永年莫取”，班田制彻底解体，而国家的军事制度“军团制”也一并消失。
所谓军团制，就是从班田制下的农民中以免税为条件征发一部分人，这些人自备军粮与武器，担负维持治安，与蛮夷作战等任务。军团制消失以后，日本各处马党、海贼四起，社会治安陷于崩溃。朝廷于是改军团制为募兵制，让地方上的富农、郡司、官吏等以“健儿”身份招募军队，这也就是后世武士的雏形。（记住这些军队的直接领导是地方，属于私人军队）
同时，在朝廷上层，国家职位逐渐被贵族家族所垄断，政治走向“家职化”。伴随着私田制的出现，上层官吏纷纷招募农民，为自己开发私田，庄园由此形成。官吏原本占有的土地被称为“自垦系”，后来开发、兼并的土地被称为“既垦系”，还有一些富农自己开垦的庄园为了躲避国衙掠夺，会向公卿、寺社进贡换取对方保护，这些庄园被称为“寄进系”。
上文提到，健儿的身份多是地方豪族，这些人有一定的田产，可以负担马匹，铠甲，成为战斗主力，而他们招募的士兵被称为“郎党”，跟随健儿作战。随着这些人在军事上的地位不断加大，朝廷为了拉拢起见，开始把地方上的职务，如押领使、追捕使等，以及低级的中央职务，如京武者、军曹等赐予这些人，因为官位低下，也将这些人统称为“侍”。
摄关政治后，大批皇族和公卿被排挤出朝廷，被迫前往地方任职，被称为“臣籍降下”，以平高望王为例，他所担任的职务为“上总介”，也就是上总国总理。平高望为人公允，做事严谨，加上血统高贵，很快得到了上总乃至整个关东健儿的效忠，由于朝廷对关东并不重视（关东很远），平高望以及他的家族逐渐掌握了整个关东的军政权力。
平高望的例子也正是武士集团的最佳代表：以具有高贵血统的贵族为栋梁，以地方豪族为枝干，以郎党随从为叶片，扎根地方，逐渐成长为枝繁叶茂的大树。同样的例子还有斋藤利仁（北陆）等。
平将门之乱-镰仓幕府时期的历史楼上说的很好了，我就不再赘述。
需要注意的是，镰仓幕府是一个不成熟的幕府，它对上没有定位好天皇的地位，对下没有处理好武士的利益追求，从而导致南北朝混战，镰仓灭亡，室町幕府建立。
然而室町幕府严格的说并不是一个中央政府，它充其量是由众多守护大名参与的松散联盟而已。随着雄才大略的足利义满，靠残酷手段维持统治的足利义教等人的去世，在室町幕府光环掩盖下地方大名的冲突不断加剧，随着应仁大乱的爆发，日本陷入了更加残酷的战国乱世。
综合武士崛起的历史以及两个幕府的兴亡可以发现，武士的根本利益在于地缘利益，也就是对更多土地的追求，一切纷争由此而来。战国结束后，德川家康通过对上建立一个占据绝对优势力量的中央幕府，对下实行分封制的手段（幕藩体系），成功维持了三百年的统治。
另外需要注意的是，江户幕府时期彻底剥离了武士的在地性（对土地的直接权利），把武士变成享受国家俸禄的特权阶层，这也是江户幕府得以长期存在的原因之一。（和天朝把总参，总后，总装分开是一个道理。）
最后回答题主的后面两个问题。
①可以肯定的是，直到安土桃山时代，日本是没有什么“自律性”可言的，这时日本普遍的道德观还停留在弱肉强食的丛林时代。日本的集体性来源于家族化生活的传统（上文提到了一点）。由于日本长期处于极其贫穷的状态，个体必须依附于集体才能得以生存，血缘和地缘成了最好的纽带，家族由此形成。对武士而言，这一点主要体现在家长制。家族的族长（家督）对族人拥有包括生死大权在内的完全统治权。
至于自律性，个人认为应该是在江户时代形成的。因为依靠力量获取生存资源的时代已经过去，幕府为了统治便利，强行要求武士和平民遵守某些规则，久而久之规则变成了社会的默认习俗，自律性由此形成。
PS：关于日本人民族性的形成本人不是很了解，恳请方家指正。
②关于切腹
可以考证切腹起源于平安朝末期，第一人是“镇西八郎”源为朝，此人被流放到伊豆后与当地官员起了冲突，随即用短刀切开腹部死去。因为日本人将腹部视为灵魂所在，切腹自杀是使灵魂获得解脱的最佳形式。因为谢罪而切腹，取得是“将灵魂拿出来展示”的意思。切腹在镰仓时代开始盛行，到江户时代形成完整的切腹-介错规则。
不过，切腹并不是作为效忠形式而出现的（人都死了还效什么忠。。。）。切腹是武士比较光荣的死法（最光荣的是战死沙场）。因为失败而承担责任自杀，在各国军事史上都是很常见的事情，切腹不过是一种比较奇葩的手段而已。