查嗣庭因文字狱既被“革职拿问”，打入天牢，“交三法司严审”，其苦楚不言可喻。他自知这次获罪，决无生还之望，就在雍正五年阴历三月廿二日申时，在监狱里服毒自尽。（据《海宁查氏族谱》及查慎行诗。一般均称病死，误。徐啸秋《海上旧闻作》”此后，及五月，侍郎服毒毙于狱，时间有误。）查嗣庭的自尽，引起了雍正更大的震怒。五月初七日，“内阁衙门议奏：查嗣庭蒙恩擢用，历官至吏部侍郎，阴怀二心，忍行横议，臣等谨将查嗣庭所著日记悖逆不道大罪，并夤缘请托，关节私书，逐款究审，嗣庭亦俯首甘诛，无能置喙。除各轻罪不议外，应照大逆律，凌迟处死，今已在监病故，应戮尸枭示。查嗣庭之兄查慎行、查嗣瑮，子查澐、侄查克念、查基应斩立决。查嗣庭之子查克上，在监病故，次子查长椿、查大梁、查克瓒、侄查开、查学，俱年十五以下，应给功臣之家为奴。所有财产，查明入官。”得旨：“查嗣庭着戮尸枭示，伊子查澐，改为应斩监候。查慎行年已老迈，且家居已久，南北相隔路远，查嗣庭所为恶乱之事，伊实无由得知，着将查慎行父子俱从宽免，释放回籍。查嗣庭之胞兄查嗣瑮，胞侄查基，俱免死，流三千里。案内拟给功臣之家为奴各犯，亦着流三千里。其应行拿解之犯，该抚查明，一并发遣。查嗣庭名下应追家产，着变价，留于浙江，以充海塘工程之用。”（据《大清世宗宪皇帝实录》卷五十七）。
查家是个世代和睦的大家庭。案件初发生时，全家老少包括僮仆因受株连而被抓送北京刑部监牢的人口，一次就有上百。查嗣庭之子查克上，原来已官至内阁中书，早在查嗣庭自杀之前两天，即三月二十日死于狱中，无论是病死还是自尽，这对查嗣庭之死肯定有直接的影响，也即是一个致命的打击。紧接着，被杀的被杀，流放的流放，“复巢之下无完卵”，一个好端端的家庭，就这样家破人亡了。查嗣庭的继室史氏闻讯后，与儿媳（查克上之妻）浦氏相约自尽。史氏曰：我与若罪人家属，纵不至死，然拘系之辱无可幸免，皇恩宽大，岂禁其毕命闺闱乎？遂悬梁自杀。浦氏本来也出身官宦之家，是嘉善浦文焯之女，这时也吞金而死。据邑人管庭芬在《海昌丛载》卷四《查氏妇女》一文记载，浦氏临死前还写了一首绝命诗：“网极恩深未少酬，空贻罪孽重亲忧，伤心唯恨无言别，留取松筠话不休。”查嗣庭的一个女儿查蕙纕远徙边塞，生死不明，在流放途中写了一首哀惋动人的题壁诗：“薄命飞花水上浮，翠蛾双锁对沙鸥。塞垣草没三秋路，野成风凄六月秋。渤海频潮思母泪，连山不断背乡愁。伤心漫谱琵琶怨，罗浮香消土满头。”（见《柳南随笔》）一个才女如此下场，真可说是惨绝人寰的了。
受株连的年纪最大、官职最高的是查嗣庭的二哥查嗣瑮，这时已七十六岁高龄，被流放到人烟稀少的关西，于雍正十一年（1733）九月廿四日，客死异乡。查慎行和他的长子查克建、幼子查克念等人，算是一门中最幸运的。最初案发之时，“阖门就逮，先生怡然，抵京自陈：‘实不知本末。’诸大臣闻讯，亦喟然曰：‘彼固敝屣一官者也，其弟仕京，相隔辽阔，宁复知之？倘以此株连，不亦枉乎！’乃共以其情上闻。世宗亦雅悉先生高节，特令释之，并其子。”（见全祖望《翰林院编修初白查先生墓表》）查克建成进士较早，这时已就任刑部郎中，早年还在任束鹿知县时，就以为官清正得到康熙赞扬（见查慎行《陪猎笔记》），总算剩他和他们的儿子逃过了这场大难。查慎行七十八岁高龄，从雍正四年（1726）十一月初八离开海宁老家，次年正月初八全家入狱，无论在押解路上，还是狱中，都历尽艰辛，浑身毒疮，又加生虱，到天热还穿着破寒衣。几个子侄都在牢中生病。一次牢墙倒塌，险些被压死。直到三月初十日，也即半年之后，方得出狱。当初北方赴诏狱的有九个子侄。查克念在京，首先投狱，这时放归故里，除了他兄弟嗣瑾（信庵）父子过继给堂叔依律免议外，就只剩查慎行和他小儿子查克念了。从此，查慎行郁郁寡欢，南归后才一个多月，于雍正五年（1727年）八月三十日病逝家乡。
另一种传闻据邑人管元耀的《海昌观》引徐啸秋《海上旧闻》，对查嗣庭死后有另一种说法： “旋奉旨，查澐改监候，查慎行父子释放回籍，查嗣庭侄查基免死，流三千里。然侍郎终无恩免戳尸之旨。狱官以盐封其尸者经月。后知上怒已解，始敢就殓。越数年方归榇。闻此案世庙（指雍正）初其震怒，查氏诸人俱无生理，各有狱中寄家人嘱后事书。初白书草纸秽纸，此卷今犹藏邑中故家。侍郎一书，司狱不敢付家人，以呈司寇，司寇即以入告，书中悔改畏罪语极悱恻，由是天威渐霁，颇不欲深究，又恐刑部诸臣以株连成大狱，日记二本会审时发下，其中来往诸人名字，俱以浓墨涂去不可辨识。定谳疏入，又留中甚久，故侍郎获保首领，归葬故乡。……”作者并以查慎行诗《哭三弟润木》二首中句：“罪大诚当杀，全归有数存。生难宽吏议，暝亦沐君恩”为证。（按据乾隆间《海宁查氏族谱》载，查嗣庭卒葬紫云村局河头。“戮尸枭示”之议虽见于内阁衙门奏议及谕旨，但是否照此执行未见记载。此说或亦可信。)雍正六年八月，朝廷宣布准许浙江士子从次年起参加乡、会试。这是恢复得较快的，也许和前一说有关联。据《海昌采芹录》一书记载，当时又进行了一次大清理：雍正七年，议准浙属冒智文武生员，限在两月内具呈自首，改归原籍，过期不首，黜革治罪。仅海宁一地，由外学改归海宁县学的，就有杨纯熙、吴嗣广、祝澐、管凤梧等一百三十三人之多。可见在封建专制高压之下，士子们也有冒籍应考地对策。
