具体看是什么纠纷，如果对使用权没有异议的土地纠纷，对土地确权办证并没有影响，可以直接起诉至人民法院进行判决；如果是土地使用权的争议纠纷，则需由地方国土资源行政主管部门进行调查处决后再进行确权颁证。
根据《土地权属争议调查处理办法》第十四条的规定 下列案件不作为争议案件受理：
（一）土地侵权案件；
（二）行政区域边界争议案件；
（三）土地违法案件；
（四）农村土地承包经营权争议案件；
（五）其他不作为土地权属争议的案件。
第二十条 国土资源行政主管部门在调查处理争议案件时，应当审查双方当事人提供的有关证据材料：
（一）人民政府颁发的确定土地权属的凭证；
（二）人民政府或者主管部门批准征收、划拨、出让或者以其他方式批准使用土地的文件；
（三）争议双方当事人依法达成的书面协议；
（四）人民政府或者司法机关处理争议的文件或者附图；
（五）其他有关证明文件。
第二十一条 对当事人提供的证据材料，国土资源行政主管部门应当查证属实，方可作为认定事实的依据。
第二十二条 在土地所有权和使用权争议解决之前，任何一方不得改变土地利用的现状。
第三十一条 当事人对人民政府作出的处理决定不服的，可以依法行申请政复议或者提起行政诉讼。
在规定的时间内，当事人既不申请政复议，也不提起行政诉讼，处理决定即发生法律效力。生效的处理决定是土地登记的依据。
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