明朝最厉害的神秘组织是内行厂，虽然只存在5年，但是它却凌驾于所有组织之上，东厂、西厂、锦衣卫、六扇门全部都要受到它的监督和管辖。从职权大小来排名的话：内行厂>西厂>东厂>锦衣卫>六扇门。
01、早在唐朝就成立的六扇门
六扇门只是三法司的捕快，这个组织参与民间之事比较密切，同时也会插手江湖帮派之间的斗争，算是黑白两道通吃，它们的故事比较出彩，在民间知名度也高，并不算特别神秘。
唐朝时期，民间痛恨的“鹰犬”，就是指的他们。这是因为他们虽然也是混江湖的，但是他们有朝廷的背景，用的手段比较凶狠，又不怕惹上大麻烦，做起事情基本没啥顾忌。时间一久，他们的名声在民间和江湖之中就非常响亮，大家都对他们又恨又怕。
02、明太祖朱元璋设立的锦衣卫
朱元璋是农民出身，他对三法司这种机构组织并不信任，于是就自己设立了锦衣卫，专门来督查百官的行动，并且他们只对皇帝一个人负责，其他人无论官职再大，也无权干涉锦衣卫办案。
刚开始锦衣卫只是针对官员，并不掺和平头百姓的事情。他们的眼线甚至撒到国外，收集各种情报，顺便策反敌国的重要官员和将领，凭此，明朝打赢了不少对外的胜仗。
后来锦衣卫为了邀功，就抢了六扇门的饭碗，自己抓捕、审理、拷问“潜在的犯人”，为帝王扫清威胁的同时，也制造了不少的冤假错案，让朝廷的官员个个心惊胆战，生怕下一刻自己就小命不保，死的不明不白。
03、明成祖朱棣设立的东厂
东厂这个组织的名声算是明朝最臭的了，它就是大家痛恨的“阉党”，由明成祖朱棣设立。朱棣觉得朱元璋设立的锦衣卫不靠谱，也不方便，不如宫中的太监们听话，并且他们之中又有郑和这样的可靠人才，很适合重用。于是，东厂就在朱棣的手中诞生了。
刚开始的东厂，是朱棣为了加固皇权，惩治奸恶之徒设立的，效果相当不错。不过他们的职权太高了，没有任何牵制，百官和锦衣卫在他们面前乖巧的如同绵羊，东厂慢慢地就开始变味了，仗着皇上的宠信，把能干的恶事都干尽了，普通的民众就算待在穷乡僻壤，也知道“见鲜衣怒马作京师语者，转相避匿”，不然就得脑袋搬家。
魏忠贤就是东厂最出名的宦官，他掌控者朝政大权，骑在百官和民众头上作威作福，出个门要八抬大轿，所有人都在跪在路边高喊“九千岁”，到了祭祀的时候，还必须得去他的生祠专门跪拜，可谓是嚣张至极。
04、明宪宗朱见深设立的西厂
朱见深这个人比较胆小，他为了加强自身的安全，就想全面了解臣民的动向和信息，于是西厂就诞生了。他任命自己最宠信的太监汪直担任西厂的首领，汪直也是不辱使命，给朱见深反馈了很多信息，让朱见深龙颜大悦。得到了肯定和褒奖的汪直，开始大刀阔斧的干了起来。
汪直做大之后，原本掌控大权的东厂不乐意了，我干的好好的，你咋突然冒出来了？你西厂算什么东西？于是，名场面就出现了：
- “东厂破不了的案由我西厂来破。东厂不敢杀的人我杀，东厂不敢管的事我管。一句话，东厂管得了的我西厂要管，东厂管不了的我西厂更要管！先斩后奏，皇权特许！这就是西厂！”
仅管西厂只存在了11年左右，但是它远比东厂、锦衣卫和六扇门来厉害很多，另一方面，对明朝造成的损失也是最大的。
05、司礼监太监刘瑾设立的内行厂
内行厂这个名头并不响亮，它的寿命也仅仅只有5年，对明朝不太了解的人，基本都不知道它的存在。但是这个内行厂却是凌驾于东厂、西厂、锦衣卫等所有组织之上的。
司礼监太监刘瑾跟东厂和西厂的首领有矛盾，不想跟他们一起玩，他仗着皇上更重新自己，就另开设了一个内行厂，监察臣民之余，还能管辖东、西两厂和锦衣卫，并且内行厂的用刑手段也是最残酷的，落到他们手中的人，活着才是一件更痛苦的事情。
凭借着内行厂这个庞大的势力，百官的奏折都要递给刘瑾来批阅，官员面圣之前，必须先要到他这里交上千两的“见面礼”（正3品官员年薪也就200多两），没钱的官员要想办法借钱，就算打欠条也得把钱交了。换言之，他才是当时真正的掌权人，刘瑾也是凭此成了当时的世界首富。
不过越嚣张的人，最终的下场也越惨，随着封建王朝的覆灭，这些组织也都随之消散在历史的长河之中。