这些特务机构是明朝特产，在其他朝代都没有。
明太祖洪武15年成立了锦衣卫，成立之初，相当于御林军，也就是皇帝贴身警卫部队，负责皇帝安全保卫工作，最高领导是锦衣卫指挥使，管辖南北镇扶使和一些百户千户，只对皇帝负责，最受皇帝信任。皇帝赋予锦衣卫极高权力，可以逮捕皇亲国戚，追查官员贪污受贿，徇私舞弊，甚至可以秘密处决一些官员，当时朝廷内外谁也不敢招惹锦衣卫，否则下场极惨。
随着东厂崛起，继任皇帝慢慢对东厂起了警惕心，于是又成立了监视东厂的西厂，东厂干什么事情，西厂都在幕后跟踪，然后报告给皇帝。东厂西厂，其实说穿了都是太监宦官势力，他们代替锦衣卫，直接向皇上负责，有了 西厂，锦衣卫和东厂都已不受皇帝信任了。
由此可以看出，锦衣卫，东厂和西厂这三个特务机关是逐步设立产生，洪武皇帝建立锦衣卫，为皇族提供安全服务，监督文武百官，朱棣上台，由于不信任锦衣卫，但是又不能解散，因此成立了东厂，让东厂代替并凌驾于锦衣卫机关之上行事，朱棣之后新皇帝登基，看到东厂势力越来越大，难以控制，于是又任命亲信成立了西厂，监视东厂行动，这些特务机关由于皇帝做靠山，越来越庞大，形成国家负担，也给朝廷官员带来许多危害。这些宦官操控的部门职员，依仗亲近皇帝，因此作威作福，对不服从命令的官员大开杀戒，造成许多冤案。
明朝最厉害的神秘组织是内行厂，虽然只存在5年，但是它却凌驾于所有组织之上，东厂、西厂、锦衣卫、六扇门全部都要受到它的监督和管辖。从职权大小来排名的话：内行厂>西厂>东厂>锦衣卫>六扇门。
01、早在唐朝就成立的六扇门
六扇门只是三法司的捕快，这个组织参与民间之事比较密切，同时也会插手江湖帮派之间的斗争，算是黑白两道通吃，它们的故事比较出彩，在民间知名度也高，并不算特别神秘。
唐朝时期，民间痛恨的“鹰犬”，就是指的他们。这是因为他们虽然也是混江湖的，但是他们有朝廷的背景，用的手段比较凶狠，又不怕惹上大麻烦，做起事情基本没啥顾忌。时间一久，他们的名声在民间和江湖之中就非常响亮，大家都对他们又恨又怕。
02、明太祖朱元璋设立的锦衣卫
朱元璋是农民出身，他对三法司这种机构组织并不信任，于是就自己设立了锦衣卫，专门来督查百官的行动，并且他们只对皇帝一个人负责，其他人无论官职再大，也无权干涉锦衣卫办案。
刚开始锦衣卫只是针对官员，并不掺和平头百姓的事情。他们的眼线甚至撒到国外，收集各种情报，顺便策反敌国的重要官员和将领，凭此，明朝打赢了不少对外的胜仗。
后来锦衣卫为了邀功，就抢了六扇门的饭碗，自己抓捕、审理、拷问“潜在的犯人”，为帝王扫清威胁的同时，也制造了不少的冤假错案，让朝廷的官员个个心惊胆战，生怕下一刻自己就小命不保，死的不明不白。
03、明成祖朱棣设立的东厂
东厂这个组织的名声算是明朝最臭的了，它就是大家痛恨的“阉党”，由明成祖朱棣设立。朱棣觉得朱元璋设立的锦衣卫不靠谱，也不方便，不如宫中的太监们听话，并且他们之中又有郑和这样的可靠人才，很适合重用。于是，东厂就在朱棣的手中诞生了。
刚开始的东厂，是朱棣为了加固皇权，惩治奸恶之徒设立的，效果相当不错。不过他们的职权太高了，没有任何牵制，百官和锦衣卫在他们面前乖巧的如同绵羊，东厂慢慢地就开始变味了，仗着皇上的宠信，把能干的恶事都干尽了，普通的民众就算待在穷乡僻壤，也知道“见鲜衣怒马作京师语者，转相避匿”，不然就得脑袋搬家。
魏忠贤就是东厂最出名的宦官，他掌控者朝政大权，骑在百官和民众头上作威作福，出个门要八抬大轿，所有人都在跪在路边高喊“九千岁”，到了祭祀的时候，还必须得去他的生祠专门跪拜，可谓是嚣张至极。
04、明宪宗朱见深设立的西厂
朱见深这个人比较胆小，他为了加强自身的安全，就想全面了解臣民的动向和信息，于是西厂就诞生了。他任命自己最宠信的太监汪直担任西厂的首领，汪直也是不辱使命，给朱见深反馈了很多信息，让朱见深龙颜大悦。得到了肯定和褒奖的汪直，开始大刀阔斧的干了起来。
汪直做大之后，原本掌控大权的东厂不乐意了，我干的好好的，你咋突然冒出来了？你西厂算什么东西？于是，名场面就出现了：
- “东厂破不了的案由我西厂来破。东厂不敢杀的人我杀，东厂不敢管的事我管。一句话，东厂管得了的我西厂要管，东厂管不了的我西厂更要管！先斩后奏，皇权特许！这就是西厂！”
仅管西厂只存在了11年左右，但是它远比东厂、锦衣卫和六扇门来厉害很多，另一方面，对明朝造成的损失也是最大的。
05、司礼监太监刘瑾设立的内行厂
内行厂这个名头并不响亮，它的寿命也仅仅只有5年，对明朝不太了解的人，基本都不知道它的存在。但是这个内行厂却是凌驾于东厂、西厂、锦衣卫等所有组织之上的。
司礼监太监刘瑾跟东厂和西厂的首领有矛盾，不想跟他们一起玩，他仗着皇上更重新自己，就另开设了一个内行厂，监察臣民之余，还能管辖东、西两厂和锦衣卫，并且内行厂的用刑手段也是最残酷的，落到他们手中的人，活着才是一件更痛苦的事情。
凭借着内行厂这个庞大的势力，百官的奏折都要递给刘瑾来批阅，官员面圣之前，必须先要到他这里交上千两的“见面礼”（正3品官员年薪也就200多两），没钱的官员要想办法借钱，就算打欠条也得把钱交了。换言之，他才是当时真正的掌权人，刘瑾也是凭此成了当时的世界首富。
不过越嚣张的人，最终的下场也越惨，随着封建王朝的覆灭，这些组织也都随之消散在历史的长河之中。
明太祖朱元璋对国家的统摄力非常关心，不仅仅推翻了实施两千年的丞相机制，加强君主专制，并且还开设了众多神秘组织，用以监督和审理官吏。那些神秘组织里东厂、锦衣卫和六扇门称得上是前无古人后无来者的设定，既与众不同又隐秘。
东厂、西厂和锦衣卫通称为厂卫。厂卫是大明朝年代的反贪局和国家安全局、情报局；和勋贵系统相同，是明朝皇帝用以抑制大明朝文官势力的至关重要构成部分。
锦衣卫、东厂、西厂和六扇门这4大大组织中，论职权东厂最高，锦衣卫次之，大明朝中后期西厂出现的其中一个至关重要功能就是监控东厂，在西厂存在的年代，绝大部分情况下西厂是比东厂职权更大的。六扇门跟它们无法等量齐观。
论职责锦衣卫最厉害，它的职责超全，东厂和西厂只可以排到后边，六扇门只有司法审理案件这一职责为最后;论在民间的知名度，东厂、西厂和锦衣卫都比不上六扇门，并且六扇门里边的奇人异士最多，它是跟平民百姓接触也最多。
论政治知名度和职权的话，西厂排首位 ，可是西厂存在的时间很短；东厂排第二，可以说东厂是隶属于皇上的私军，只对皇上负责；锦衣卫排第三，归因于大明朝的宦官机制，锦衣卫虽然本身实力很强，可是没有东厂和西厂离皇上近，是最能办事的组织；六扇门排第四，归因于六扇门隶属于朝廷正式组织，无论皇上或是内阁，或是六部，都是会对他造成影响，受到的牵制很大。
这四大组织成立时间不同，一个组织的成立可能是为了制裁削弱另一个组织的实力。而在这四个组织共同存在的时代里个人认为西厂＞东厂＞锦衣卫＞六扇门。大家所知的六扇门大都是从电视剧中了解，如《四大名捕》、《武林外传》等，电视剧中的演绎成了一个收纳奇人异事、各类武林高手的“高级捕快”，专门解决武林斗争和官府棘手的要案重案。其实六扇门是指刑部、大理寺和都察院这三法司衙门的合称，相当于现在的“公、检、法”。
锦衣卫是由明成祖朱元璋设立的“拱卫司”，洪武十五年改称锦衣卫。最早设立的时候更像是君主的仪仗队兼保安队，后期因为老朱生性多疑，锦衣卫也被赋予了巡查缉捕，锦衣卫更是可以绕开三法司也就是六扇门，直接对君主负责。有自己的诏狱，可以不进行公开审讯，其他人无权过问。在老朱清洗权臣的过程中发挥了重要作用，随着权臣们一个个被扳倒，锦衣卫的作用越来越小，老朱为了平息众怒对锦衣卫的实力进行削弱。随着朱棣的上位，为了清除朱允炆一党，锦衣卫又被重用起来，权势达到了顶峰，当时锦衣卫的头子纪纲甚至想谋朝篡位，被朱棣斩首。
为了削弱锦衣卫势力，朱棣扶持自己的特务组织，由宦官组成的东厂成立。起初东厂和锦衣卫是平级关系，东厂抓到嫌犯，因为没有自己的诏狱要送给锦衣卫，后期设立自己的诏狱，又开始监视群臣和百姓的生活，搞得人心惶惶不可终日，从此东厂和锦衣卫变成了上下属的关系。成化十三年，明宪宗对东厂的不信任，使得西厂的成立。虽然西厂成立时间只不过是昙花一现，但鼎盛时期，人数更是比东厂多一半有余，提督汪直一人之下，万人之上，日益膨胀，群臣反对，西厂被迫撤销。
在四大组织共存的时间里，虽然西厂存在时间不长，但是一时风头无两。
锦衣卫是明朝的特务机构，也是皇帝的眼睛和耳朵，更是四大特务机构之一。不过论锦衣卫，东厂，西厂和六扇门四大组织，究竟哪一个更厉害呢？