法律分析：合同是有效的，但是合同外购房者多付的那部分资金是没有保障的，因为开发商开具发票也是按照合同上的价格来开的。另外在申请贷款的时候，银行放款也是以购房合同为依据的，如果合同价格比实际价格低，那购房者的可贷额度就会降低。唯一的好处是在交税的时候，以合同价为依据，税额会减少。但整体来说对购房者损失更大，所以要注意不能这样签订合同。
法律依据：《经济适用住房管理办法》 第二十五条 城市低收入家庭申请购买经济适用住房应同时符合下列条件：
(一)具有当地城镇户口；
(二)家庭收入符合市、县人民政府划定的低收入家庭收入标准；
(三)无房或现住房面积低于市、县人民政府规定的住房困难标准。
经济适用住房供应对象的家庭收入标准和住房困难标准，由市、县人民政府根据当地商品住房价格、居民家庭可支配收入、居住水平和家庭人口结构等因素确定，实行动态管理，每年向社会公布一次。