自朱元璋1368年建立明朝到1644年明朝灭亡，期间一共经历了16位皇帝。明朝最初的两任皇帝朱元璋和建文帝是定都南京的，第三任皇帝朱棣在位期间迁都北京，之后的历任皇帝也都是定都北京且葬在北京，明十三陵就是定都北京的明朝皇帝的陵墓所在地。
朱元璋于1368年定都南京建立明朝，此后一直到1398年去世时都是以南京为都城，而且朱元璋死后就葬在南京。
朱元璋的陵墓名为明孝陵，是他与马皇后的合葬陵墓，位于南京紫金山麓，前后修建历时25年左右，是明朝规模最宏大的帝王陵墓。
朱棣迁都北京后并未迁葬朱元璋，所以朱元璋的陵墓一直都是在南京，而不在北京的明十三陵中。
众所周知，明朝第三位皇帝朱棣是通过靖难之役当上皇帝的，其前任皇帝建文帝朱允炆在靖难之役中失踪，他的下落至今仍是一个谜。
朱棣即位后曾多次派遣人员找寻建文帝的下落，但皆未能找到建文帝，正因为建文帝朱允炆始终下落不明，所以无论在南京地区还是北京的明十三陵中都没有他的陵墓。
明代宗的陵墓不在明十三陵中明代宗朱祁钰的情况比较特殊，当年明英宗朱祁镇在土木堡之变中被瓦剌人所俘，瓦剌人本想以明英宗作为筹码威胁明朝投降，但是于谦及太后等人以大局为重议立郕王朱祁钰为帝，朱祁钰因此登上帝位，是为明代宗。
后来瓦剌人见以明英宗作为威胁并不能令明朝就范，索性将明英宗放回北京，朱祁镇回京后虽被奉为太上皇，但很快就被明代宗软禁于南宫长达7年之久。
景泰八年，朱祁钰病重，朱祁镇在石亨、徐有贞、曹吉祥等人的协助下成功复辟重登帝位，明代宗被废为郕王并于不久后去世，朝廷以亲王的规格将朱祁钰葬于玉泉山，其陵墓名为景泰陵，不在明十三陵所在的天寿山。
估计有不少人对崇祯皇帝陵墓的情况存在疑问，事实上崇祯皇帝陵墓的情况确实是比较特殊的。
李自成攻入北京后，朱由检自缢殉国，李自成将朱由检及其周皇后葬于崇祯田贵妃的陵墓中，原因是当时崇祯自己的陵墓还没开始修建。
崇祯在位十七年为什么没开始修建自己的陵墓，一种说法是崇祯之前请风水师找过吉地但风水师说要在崇祯十七年后修建才是吉时，所以崇祯殉国时还没开始修建陵墓；另一种说法是说崇祯忙于国家大事无心修建自己的陵墓，本人更倾向于第一种说法。
后来顺治帝入关后重新修缮了崇祯皇帝和周皇后、田贵妃的合葬陵墓，因为该陵墓刚好也在十三陵范围内，所以说崇祯的陵墓是在明十三陵中，名为明思陵。
由此可见，在明朝的16位皇帝中，明太祖死后葬于南京紫金山，建文帝下落不明没有陵墓，明代宗死前被废为王，除此以外的13位明朝皇帝都葬于北京天寿山麓，所以叫做明十三陵。
明朝一共有16位君王，但是在皇陵里只葬有13位君王，所以才被叫做十三陵。朱元璋、朱允炆、朱祁钰三位君王的陵墓不在十三陵中。
一、开国君王朱元璋的陵墓在南京朱元璋是明朝的开创者，他在应天府称帝，建立大明，号洪武。应天府就是今天的南京，以前的君王们把自己的陵墓都是建立在国都，国都在那里陵墓就会建设在那里。
自秦汉以来，君王不论年纪大小，只要登基满一年就可以选择合适的地点建造属于自己的陵墓。朱元璋选择在南京玄武区紫金山上建设陵墓。
又因为马皇后一直以来都是奉行孝治天下，朱元璋死后和马皇后一起合葬在紫金山陵墓中，又被称为明孝陵。
二、朱允炆没有陵墓朱允炆是朱元璋的孙子，因为儿子朱标的早逝，朱元璋死后立朱允炆为帝。朱允炆本来可以安安分分的做好自己的君王的，但是刚上位的他急于改革，急于表现，触犯了一些王公贵族的利益。
其中身为王爷的朱棣对朱允炆非常不满，联合其他的王公大臣一起谋反陷害朱允炆，而朱允炆在皇宫失火的状况下失踪了。
都说活要见人，死要见尸，朱允炆是活不见人，死不见尸，朱棣是怎么找也没找到。有传闻说朱允炆出家做和尚了；还有的说自焚而死；更有不靠谱的说法说朱允炆出国了，还有人猜测说郑和下西洋的目的就是为了寻找朱允炆。
关于朱允炆的说法众多，但是都没有有力的证据，朱允炆的消失成为了历史上一大悬案。人都不见了，何来的陵墓呢？
三、明景帝朱祁钰的陵墓比较尴尬朱允炆失踪后朱棣登基，朱棣登基后为了巩固皇权，巩固地位，立马迁都到了自己的藩地北京。到北京后朱棣和以后的君王全都埋葬在了北京。
但是这13位君王中还有一个比较特殊的君王，那就是明景帝朱祁钰。在《女医明妃传》里黄轩扮演的明景帝朱祁钰，霍建华扮演的就是明英宗朱祁镇。
明英宗朱祁镇在位期间发生土木之变，朱祁镇亲征瓦剌被俘，当时的太子年幼，根本不能胜任君王，当时的于谦等大臣劝说太后让朱祁钰继位管理国家。
明景帝朱祁钰上位后励精图治，重视军事，很快就击退了瓦剌，并成功救出明英宗朱祁镇。一山不容二虎，明景帝朱祁钰和明英宗朱祁镇注定不能共存，明英宗朱祁镇在石亨等人的帮助下发动政变，夺回皇位。
皇位被夺走了，朱祁钰只能称的上是位王爷了，成王败寇，明英宗朱祁镇没有把朱祁钰杀掉已经是非常仁慈了。
而朱祁钰在明英宗复位后不久便去世了，按照规矩来，他以亲王的待遇埋葬，被葬在了北京西山，他也是朱棣迁都后唯一一个没有被葬在明皇陵的君王。
明朝共16位皇帝，但是有两位下葬在其他的地方，还有一位失踪，所以明代皇陵称为”十三陵“。
第一位：他没有皇陵是由于自己当初建都在南京，而且明陵在北京，他不可能把自己建好的皇陵给帮去北京，所以他的皇陵就只能在南京。这样造成了明陵中少了第一位明帝王。如果当初自己定都在北京，那么在皇陵中一定有他的位置，明太祖的位置。
第二个没有皇陵就是：朱允炆，因为导致他没有皇陵的就是传遍中国历史中，叔叔夺取侄子的皇位。明成祖带兵从北京，挥师南下，打破南京，皇宫起火，朱允炆随之被葬生于火海，不知所踪，是生是死，总之留下历史谜案。朱棣即位称帝，他废除建文年号，朱棣不可能为是不可能为自己的侄子朱允炆建陵，所以朱允炆自然没陵墓。
第三个没有皇陵：景泰帝，由于自己的哥哥明英宗，在在土木堡被俘。自己受命于危难之际，临危受命，但皇权蚀骨，大权在握的感觉，深入骨髓。所以，景泰帝就不想放手了，一心一意巩固皇位。明英宗回归后又在大臣于谦等人们的扶持下重新上位登基，做了帝王。之后的景泰帝之位没有被承认，所以就没有葬入明陵。
明皇陵是中国保存较为完整皇陵之一，其中的研究价值非常巨大，对我们历史研究还有考古都有着巨大的帮助，它的意义巨大。