1、第50集：外交官杀人事件（下集）
讲述小兰找来医生时，却发现柯南不见了，她四处寻找来到了犯罪现场，而服部已经开始了对凶手的指认，凶手就是死者的父亲利光，他本人也主动承认，这时，工藤新一出现，他推翻了服部的推测，并对凶手重新指认。
2、第205集：生死一瞬间，第三个选择
讲述另一边，帝丹高中园游会的当天，话剧在体育场上演的时候，观众席竟然出现了谋杀案件，这时，突然出现了一位迷之少年，当他摘掉隐藏身份的帽子时，在场的所有人都惊呆了，许久未露面的工藤新一居然会出现在这里。
3、第206集：生死一瞬间，黑衣骑士
讲述就在警方准备以自杀结案时，话剧中的黑衣骑士突然出现，在否定了自杀论之后，他摘掉面具，而面具下面正是那张让小兰朝思暮想的面容，没错，真正的工藤新一登场，在进行了一番精彩绝伦的推理后。
4、第570集：杀人犯·工藤新一（上集）
讲述柯南只身来到了信上所说的地址，不想被关进了小木屋，就在这时，他因为误食解药的身体开始发生变化，逃脱期间掉进了旁边的湖里，被人发现时他已经失去记忆。为了让他想起过去，服部一行带着新一来到了当时的案发现场日源村长家。
5、第571集：杀人犯·工藤新一（下集）
讲述次日一大早，新一就独自前往日源村长家，当服部赶到时，竟然看到新一满身是血的站在记者河内深里旁边，他深信凶手一定不是新一，于是在警察赶到前将他藏到了后车厢，并且还特意交代让小兰、和叶等人暂时瞒过警察。
6、第572集：新一的真实身份和小兰的眼泪
讲述小兰从昏迷中醒来时发现自己在一个小木屋里，并且身上的伤也被人包扎好了。这时，小五郎他们也找到了这里，服部在隔壁的房间发现了很多新线索，他把案件从新理顺后，将所有人都叫到了村长家，并指认这个用刀刺伤河内深里的人就是他身旁的工藤新一。
7、第573集：真正想知道的事
讲述死罗神和服部一唱一和，两人一起揭穿了假新一的身份并且还将当年村长及其妻子遇害一案再次向大家说明，而这个死罗神自然也就是工藤新一本人。案件结束后，新一的身体再次发生变化，幸亏灰原的及时赶到，新一才保住了秘密不被发现。
8、第667集：福尔摩斯的默示录（名侦探的弟子）
讲述柯南等人在来自英国的戴安娜女士的邀请下一起前往伦敦旅行，为了通过关卡，柯南利用灰原的药暂时恢复工藤新一的身份。到达英国后，柯南兴奋的来到福尔摩斯博物馆参观，期间遇到了著名网球选手格拉斯的弟弟阿波罗。
9、第668集：福尔摩斯的默示录（Love is 0)
讲述下午与戴安娜女士共进晚餐的时候柯南和阿笠博士人不见踪影，于是小兰外出寻找，期间她打电话给工藤希望借助他的力量解开暗号，这时，大本钟响起，破解第一行暗号的工藤却在无意之中暴露了自己在伦敦的事情。
10、第669集：福尔摩斯的默示录（撒旦）
讲述来到伦敦的柯南不小心以新一的身份向小兰暴露在伦敦的事实，而此时柯南喝下了回国用的解毒剂暂时以新一的身份出现。在继续调查的过程中小兰，从以前新一说过的话中得到启发发现了人偶的秘密。
11、第672集：福尔摩斯的默示录（0 is start）
通过慢镜头的回放最终取得了这一局的胜利，而柯南也通过拉锯战找到了犯人所在的位置。在父母的帮助下柯南顺利的进入赛场。就在柯南要制止罪犯之时却被人认了出来，最终米奈芭和柯南联手组织了罪犯。
12、第982集：红色的修学旅行（鲜红篇）
讲述因故暂时从柯南变回了原貌的工藤新一，与毛利兰他们一同参加毕业旅行，却在京都被卷入了奇特的事件中。
柯南恢复新一的集数
048-049 外交官杀人事件
第一次变回，喝了平次的白干
188-193 危命的复活 系列
新一真正出现是在191--193集
灰原的所谓第三种选择:
吃下临时解药，变回新一，消除小兰的怀疑
521 杀人犯-工藤新一
522 新一的真实身份与兰的眼泪
523 真正想问的事
死罗神系列
先是误食灰原的解药
变回工藤新一，揭穿假新一
后又在厕所再次食用解困，变回新一
解决了一起发生在高速公路上的杀人事件
剧场版7 迷宫的十字路口
先吃博士在灰原的帮助下开发的一种“吃下后会得重感冒”的药，
然后喝白干 变回新一后假扮平次解救和叶
OVA1柯南 vs Kid vs Yaiba 宝刀争夺大作战
OVA9十年后的陌生人
不是吃药变大，只是柯南在做梦本回答被提问者采纳
第一次变回，喝了平次的白干
188-193 危命的复活 系列
新一真正出现是在191--193集
灰原的所谓第三种选择:
吃下临时解药，变回新一，消除小兰的怀疑
521 杀人犯-工藤新一
522 新一的真实身份与兰的眼泪
523 真正想问的事
死罗神系列
先是误食灰原的解药
变回工藤新一，揭穿假新一
后又在厕所再次食用解困，变回新一
解决了一起发生在高速公路上的杀人事件
剧场版7 迷宫的十字路口
先吃博士在灰原的帮助下开发的一种“吃下后会得重感冒”的药，
然后喝白干 变回新一后假扮平次解救和叶
OVA1柯南 vs Kid vs Yaiba 宝刀争夺大作战
OVA9十年后的陌生人
不是吃药变大，只是柯南在做梦
188 189 190 191 192 219 286 287 288 345 400 472 473 490
OVA版
宝刀争夺大战（很精彩哦！）
十六个嫌疑犯（是兰的回忆，很浪漫的。。。）
剧场版
剧场一：引爆摩天楼 （结局好感人）
剧场二：第十四个目标
剧场三：世界末的魔术师（结尾特别精彩，快斗伪装新一救了柯南一命。。。。。）
剧场四：瞳孔中的暗杀（有新一对兰的表白(⊙o⊙)哦）
剧场五：通往天国的倒计数（结尾惊险又刺激，不过新一是出现在兰的回忆里面。）
剧场六：贝克街的亡灵（也是兰的回忆）
剧场七：迷宫十字路（新一伪装平次，两个人都很帅！！）
剧场八：银翼的魔术师（快斗伪装的，有和兰单处的情节，值得一看）
剧场十：侦探的镇魂歌（有一点情节）
剧场十一： 蔚蓝色的海盗旗
剧场十四：天空的遇难船（新一为小兰吃了不少醋，快斗也被卷了进来，展开了三角恋，最后一点特别精彩，还有快斗和小兰。。。。。不说了，自己看吧）
特别篇
鲁邦三世VS柯南（有小兰想象和新一在一起的情节，很浪漫！）
其余的不记得了，但有灰原恢复雪莉的，好像是《与黑暗组织再度重逢》