1、第1集:云霄飞车杀人事件
高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国,他帮助警方解决了很多棘手案件。某日,他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇到了一起因情生恨凶杀事件。
其中,有两名黑衣人引起了工藤的注意,工藤暗中跟踪却被发现,黑衣给他灌下毒药后离开,当被警察发现时,工藤已变成了小孩儿的模样。
2、第50集:外交官杀人事件(下集)
小兰找来医生时,却发现柯南不见了,她四处寻找来到了犯罪现场,而服部已经开始了对凶手的指认,凶手就是死者的父亲利光,他本人也主动承认。
这时,工藤新一出现,他推翻了服部的推测,并对凶手重新指认,服部甘愿认输,警方带走凶手后,工藤因心痛难耐顾不上和小兰说句话就躲了起来变回柯南,休息了三天后,他意识到老白干是让他恢复原形的方法。
3、第172集:飞天密室,工藤新一最初的事件(上集)
小兰在去冲绳旅行的飞机上想起了一年前新一在飞机上首次处理命案的事情,当时正值深夜,飞机上所有的人都在睡觉,突然传来一声尖叫,一名叫大鹰的男子在厕所被人杀害,碰巧目暮警官也在飞机上。
于是新一和目暮警官一起对机舱上所有可疑的人进行了调查,在寻找凶器无果后,新一想到凶器一定就在凶手身上。
4、第173集:飞天密室,工藤新一最初的事件(下集)
新一要求在次对嫌犯的物品进行搜查,可依旧没有发现可疑物品,之后,新一在鹭沼的座位上发现了底片的碎片,并将所有人的证词、座位上的底片、墙壁上的血渍和被害人口袋被弄湿都串成了一线。
虽然鹭沼的嫌疑最大,但新一却说凶手不是他,因为他被真凶所利用,推理一步步接近真相,让大家出乎意料的是凶手居然是……
5、第205集:生死一瞬间,第三个选择
灰原这么做的目的是要叮咛柯南坦白有风险,让他谨慎考虑,并在他面前摆出三个选择,柯南会如何抉择?另一边,帝丹高中园游会的当天,话剧在体育场上演的时候,观众席竟然出现了谋杀案件。
这时,突然出现了一位迷之少年,当他摘掉隐藏身份的帽子时,在场的所有人都惊呆了,许久未露面的工藤新一居然会出现在这里,然而,和叶却揭穿了这个家伙的真实身份。