法律分析：公司被员工申请劳动仲裁只是解决劳动纠纷的一种法定方式，被申请，申请都是法定的权利与程序义务。被申请了也不会影响公司的证信力，并不能说明公司就有违法与不良行为，不会因此纳入黑名单或受到什么处理。最多是上级主管机关因为劳动纠纷过多，提示公司加强管理和公司的约束机制建设，构建和谐的劳资关系。
法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
第二十一条 劳动争议仲裁委员会负责管辖本区域内发生的劳动争议。
劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。双方当事人分别向劳动合同履行地和用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁的，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。