农业综合开发的资金来源多样化，主要由第十条所述组成。财政资金分为中央和地方两部分，均需纳入年度预算，且地方配套资金需独立支付，不能用其他农业专项经费替代。
第十一条明确了土地治理项目的自筹资金，包括乡村集体和农民的现金、实物以及投劳，投入比例需遵循相关规定的标准。产业化经营项目自筹资金则要求至少达到财政投资的50%。
第十三条定义了占用费收入，即财政部门向使用财政有偿资金的单位收取的使用费用。而第十四条提到的其他收入，主要包括银行存款利息和农业综合开发投资资产的运营收益，但不包括参股经营的部分收入。
最后，第十五条规定，各级财政部门需根据农业综合开发的需求，从财政预算中单独安排农业综合开发事业费，以确保项目的顺利进行。
《农业综合开发财务管理办法》于2006年7月27日由财政部以财发〔2006〕39号印发。该《办法》分总则、财务计划管理、资金筹集、资金使用和支出管理、工程成本管理、资产管理、负债管理、净资产管理、财务监督、财务报告和财务分析、附则11章63条，自发布之日起执行。原《农业综合开发财务管理办法》（财发〔2000〕57号）同时废止。