⑴收入与财富分配不公
这是因为市场机制遵循的是资本与效率的原则。
资本与效率的原则又存在着“马太效应”。从市场机制自身作用看，这是属于正常的经济现象，资本拥有越多在竞争中越有利，效率提高的可能性也越大，收入与财富向资本与效率也越集中；另一方面，资本家对其雇员的剥夺，使一些人更趋于贫困，造成了收入与财富分配的进一步拉大。
这种拉大又会由于影响到消费水平而使市场相对缩小，进而影响到生产，制约社会经济资源的充分利用，使社会经济资源不能实现最大效用。
⑵外部负效应问题
外部负效应是指某一主体在生产和消费活动的过程中，对其它主体造成的损害。外部负效应实际上是生产和消费过程中的成本外部化，但生产或消费单位为追求更多利润或利差，会放任外部负效应的产生与蔓延。
⑶竞争失败和市场垄断的形成
竞争是市场经济中的动力机制。竞争是有条件的，一般来说竞争是在同一市场中的同类产品或可替代产品之间展开的。
但一方面，由于分工的发展使产品之间的差异不断拉大，资本规模扩大和交易成本的增加，阻碍了资本的自由转移和自由竞争。另一方面，由于市场垄断的出现，减弱了竞争的程度，使竞争的作用下降。
⑷失业问题
失业是市场机制作用的主要后果，一方面从微观看，当资本为追求规模经营，提高生产效率时，劳动力被机器排斥。另一方面从宏观看，市场经济运行的周期变化，对劳动力需求的不稳定性，也需要有产业后备军的存在，以满足生产高涨时对新增劳动力的需要。
⑸区域经济不协调问题
市场机制的作用只会扩大地区之间的不平衡现象，一些经济条件优越，发展起点较高的地区，发展也越有利。随着这些地区经济的发展，劳动力素质，管理水平等也会相对较高，可以支付给被利用的资源要素的价格也高，也就越能吸引优质的各种资源，以发展当地经济。
⑹公共产品供给不足
公共产品是指消费过程中具有非排它性和非竞争性的产品。所谓非排它性也就是一当这类产品被生产出来，生产者不能排除别人不支付价格的消费。因为这种排它，一方面在技术上做不到，另一方面却使技术上能做到，但排它成本高于排它收益。
⑺公共资源的过度使用
有些生产主要依赖于公共资源，如渔民捕鱼、牧民放牧。他们使用的就是以江湖河流这些公共资源为主要对象，这类资源既在技术上难以划分归属，又在使用中不宜明晰归属。
例子
2003年2月中旬的广州，市场曾出现每袋几毛钱的板蓝梗暴涨到50元以上一袋，其它抗病毒的药品价格也跟着大幅上涨，远远偏离正常的市场价格。
四月下旬的北京，由于有了广州市场的前期教训，政府采取了一些措施，北京市场的药品零售价格虽然没有出现大幅上涨的现象，但药品流通的中间环节和以前是完全不同，变得异常热闹。
正常情况下在批发价50%以下就可售出的一些药品，一下子要按批发价的90%以上甚至零售价卖给零售商（药店和医院），若直接卖给相关团体单位药品价格就没有谱了，中草药的价格就高的太离奇了，确实让一些“药商”欢喜了一阵。