明清有大小九卿之别。
明之大九卿为六部尚书及都察院都御史、大理寺卿、通政使；小九卿为太常寺卿、太仆寺卿、光禄寺卿、詹事、翰林学士、鸿胪寺卿、国子监祭酒、苑马寺卿、尚宝司卿。
清代皇帝的谕旨中常以六部九卿并提，可见不把六部计算在九卿之内。九卿究竟指哪些官，说法不一致。其小九卿则指宗人府丞、詹事、太常寺卿、太仆寺卿、光禄寺卿、鸿胪寺卿、国子监祭酒、顺天府尹、左右春坊庶子。
明、清有大小九卿之称。明以六部尚书与都察院都御史、大理寺卿、通政司使为大九卿；太常寺卿、太仆寺卿、光禄寺卿、詹事、翰林学士、鸿胪寺卿、国子监祭酒、苑马寺卿、尚宝寺卿为小九卿。
清上谕常用六部九卿字样，实无明确规定，通常指都察院、大理寺、太常寺、光禄寺、鸿胪寺、太仆寺、通政使司、宗人府、銮仪卫的长官。
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特点
三公和九卿以及列卿等，都各有自己的府寺，以处理日常事务。大事总汇于丞相，或最后请皇帝裁决。
1、由皇帝任免，不得世袭。
2、分工明确，行政效率高。
3、丞相位高权重
4、新的较完备的官僚制度。
秦始皇设立 三公九卿 制度，为封建专制主义中央集权国家制度的建立创造了雏形，对以后的历代封建王朝的建立，有着重要的影响。
三公九卿制度的基本结构从秦朝一直沿用到两晋，直至隋文帝创三省六部制。从三省六部制的结构上来看，也无处不有着三公九卿制结构的影子。
此后，一直到明代，明太祖朱元璋废掉中书省、尚书省及门下省，六部直接对皇帝负责，中国古代历史中的中央官制三级制度才算寿终正寝。三公九卿这一制度沿用约达800年，并从结构上影响三省六部制，并左右中国古代中央官制约达700年。
可以说，三公九卿制，上承夏商周，下接隋唐宋元，在中国历史上留下了浓重的一笔。三公九卿制度虽在结构上沿用了近700年，但在其间，官职的名称及权利和三公九卿制的部分结构却一直在变动之中。并且，制度之外其他中央机构的出现也冲击了三公九卿制。
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