明有大小九卿之别。
明之大九卿为六部尚书及都察院都御史、大理寺卿、通政使；
小九卿为太常寺卿、太仆寺卿、光禄寺卿、詹事、翰林学士、鸿胪寺卿、国子监祭酒、苑马寺卿、尚宝司卿。
各代"九卿"不一。宣帝、元帝时，九卿称谓出现于诏书中。但《汉书》中所见的卿，有太常、光禄勋、太仆、廷尉、大行、大鸿胪、宗正、大司农、少府、卫尉、执金吾、右内史、左向史、主爵都尉、太子、太傅等十几种官。将九卿定为九种官职，则始于新，其制中以中二千石为卿。即以大司马司允、大司徒司直、大司空司若、羲和、作土、秩宗、典乐、共工、予虞为九卿，分属于三公。
东汉和新一样，中央政府中设有九卿的官职。《续汉书》将太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府定为九卿。九卿固定为九官后，和九卿相近的其他重要官员被排斥在九卿之外。东汉末到三国，有人就试图为这种不合理的现象辩护。刘熙《释名》否认汉有九卿之说，认为所置是十二卿;韦昭《辩释名》则认为九卿是指正卿，九卿之外尚有所谓外卿。
魏晋以后九卿多同东汉之制，仅廷尉有时改称大理;北魏改少府为太 府。故隋唐九卿为太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府，已无行政之权。南宋、金、元，九卿多有省并。明、清遂改以吏、户、礼、兵、刑、工为六部尚书，都御史，大理寺卿、通政司使为九卿，以前的九卿之官或有保留，但已成虚衔或加官、赠官。