1．原料：取新鲜河豚鱼卵巢，如不及时使用可保存在福尔马林溶液中，卵巢需磨碎才能加工。
2．提取：碎卵巢加水浸泡4天，过滤后，再加水泡1天。反复三次，三次滤液合并，浸泡时需在0--5℃低温下进行。
3．除蛋白质：滤液中有许多水溶性蛋白质需去除，可用加热法处理。将滤液加热至沸，并维持10分钟，使蛋白质产生热变性析出滤去，取滤液。
4．离子交换：要提纯毒素，需用离子交换方法将一些杂质去除，河豚毒素带正离子，所以可用弱酸性阳离子交换树脂进行交换，当树脂交换饱和后(用小白鼠跟踪进行毒性测定)，停止上柱，分别用水及10％醋酸洗脱交换柱，并分别收集洗脱液。
5．脱色：洗脱液毒性已很强，但色泽较深，需脱色处理。用醋酸调节洗脱液的pH至4--6，加3％活性炭，加热至80℃，然后过滤，得无色澄清滤液。
6．吸附：为了得到更纯的毒素，需进一步提纯。用硬脂酸减活处理后的活性炭柱将毒液吸附(滤液需用8％氨水调节pH至9)，吸附饱和后再用含0.5％醋酸的20％乙醇溶液洗脱，洗脱至最后洗脱液无毒为上，收集洗脱液。
7．浓缩：洗脱液于70℃以下减压浓缩，蒸发去除水分和乙醇，此时液体呈淡黄色油状。
8．粗品：用5％醋酸溶液，再用8％氨水调：节pH至9，并放置在低温处24小时，析出的白色固体即为河豚毒素粗品。
9．结晶：如想继续提取精品结晶，则将上道工序反复进行溶解、沉淀，几次后再将析出的沉淀加等量苦味酸混合，加入少量水加热溶解、过滤，低温析出结晶，此工序也要反复3--4次，才能得到较纯的结晶状河豚毒苦味酸盐，将此产品加热水溶解，并滴人10％氨水调pH至9，冷却、结晶、洗涤，再加10％醋酸溶解，用氨水调pH，直至结晶析出。最后将晶体干燥，得到纯品。
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