中国水资源总量为2.8×1012m3，居世界第6位。但人均占有量仅2300m3，不足世界人均值的1/4，排位第110位。全国有300多个城市缺水，其中188个严重缺水，预计到21世纪30年代前后，缺水总量为2300×108m3。水资源的危机在威胁着居民的生存。
我国地下水资源有3/5集中在北方各大平原和盆地，其中东北、华北地区地下水可开采资源量占62%，西北地区仅占25%。地下水开采量逐年增加，90年代末已达1000×108m3，由于对地下水开发缺乏规划和保护，以致造成污染和超量开采带来严重的恶果。
因此无论从水文地质基础理论，还是从改善水环境质量，保证水资源尤其是地下水资源为社会可持续发展服务的目的，我国重点应发展：
（1）从区域上加强西北干旱、半干旱地区地下水、西南岩溶地区和黄土地区地下水的调查、勘查与评价。西北干旱区水资源存在量不足，分布不均，严重浪费，水质恶化等问题。1995年启动的“西北地区地下水资源特别计划”已取得丰硕成果。但要从整体上解决，还应将地表水和地下水作为统一系统来合理规划、开发。黄土高原和岩溶地区都是生态环境脆弱地区，石漠化（岩漠化）、水资源短缺和生态环境恶化都是制约经济发展的因素，急需开展综合治理、勘查、开发岩溶水的研究。
（2）从管理上要加强对水资源的科学规划和管理。历史上对水资源的管理体制，一直把地表水和地下水的开发利用分割开来，而不是统一调配和规划，使有限的水资源不能得到最合理有效的利用。应该是上游下游统筹兼顾，浅层水与深层水综合利用，地表水与地下水联合开发，充分挖潜，合理布局。中国科学院地学部专家认为，中国水问题的根本出路在于“以节水为本，强化统一管理”，并指出：全方位（包括农业、工业、矿业、城市、生活等方面）节约用水的潜力很大。而要达到节水目的必须统一管理，从体制到立法都要改进、完善和加强。相应的还要把水资源管理模型的研究继续深入。节约用水应成为基本国策。
（3）从科技上加强地下水的污染治理与节水技术的研究。我国在这方面的研究还很薄弱。如何因地制宜，采用有效的治理方法，尤其采用既经济又能自然净化环境的生物治理方法，应成为环境水文地质学的重要研究方向。提高节约用水的科技水平，加强节水新工艺、新技术、新方法的科技研究，并推广到工农业、城市生活用水等各个方面。
（4）从学科基础理论方面，要进一步研究承压水的越流理论、潜水的延迟给水理论、裂隙孔隙的双重介质理论、粘性土（弱透水层）渗流理论、非饱和渗流理论等。“八五”期间已开展了“人类活动影响下华北平原地下水环境的演化与发展”等涉及大陆水圈与全球变化的研究，取得重要的成果。在21世纪初应进一步加强地下水的渗流理论研究，结合现代科学，开展各种模型研究，特别在复杂水流条件下如何正确概化，选定边界，确定边界条件，建立数学模型；地下水中溶质化学反应的数值研究；包气带、非均质介质、高矿化度等条件下水流运动规律和溶质运移原理，提高地下水的定量研究水平；加强地下水在参与地质过程循环中水－岩相互作用中的机理研究等。