以我个人的理解：明朝官职设置特点有以下几个方面：
1、明朝最大的一个特点就是取消宰相制，六部官员地位提升。
最初明太祖朱元璋也在朝堂之上设有宰相，后以胡惟庸案为契机，彻底击溃相权，使皇权高度集中。延续了近一千多年的君权相权之争，以君权胜利告终。
以前相应属政府最高行政长官，六部长官为宰相之下的各部首长，朱元璋提高了六部首长的地位，六部首长直接向皇帝负责。而六部设首长即尚书，还有副手，就是侍郎，下设各给事。给事相当于办事专员，各派各地，承办相应事务。
2、明朝开创内阁制
皇帝朱元璋以游僧、乞丐身份用16年时间逐步登上皇帝宝座，虽然自己在人情练达等方面积累了很丰富的经验，但治国上知识水平还是受限的，于是又在身边设置了一个秘书机构，这里秘书机构的官员通常都是五品官，但可以说是皇帝的智囊团，为皇帝出主意，而这个机构成员虽然品级不高，但因为与皇帝最近，能说上话，所以很有实权，这也就成了内阁制的雏形。而后来的皇帝逐渐的都不能像朱元璋那样有精力，有心思处理庞大的国政，所以内阁的职权就更重了，就承担起提出处理国政方案的任务，这就叫票拟。而后，通常内阁成员都是担任六部首长沿尚书兼任，于是就有了，如文华殿大学士，礼部尚书某某某。
3、明朝言官、特务并存，内朝与阁臣共掌天下
朱元璋为了更好地实现集权统治，开设了中国历史上最著名的特务机构锦衣卫。锦衣卫可以秘密侦察，直接向皇帝呈报，使锦衣卫的权利无限扩大。各部都有言官，可直接弹核六部首长，言官左右朝政的力量也是不小的。而到了永乐年间，永乐又设立了东厂，成化年间设了西厂，实际上本应最初按朱元璋的祖制，国家的宦官不许参政，而锦衣卫、东厂的主要领导却又都是宦官。到了英宗时期，大太监王振因带年幼的英宗长大，十分得宠权倾朝野，从此后，宦官权利几乎每一朝都十分强大。正常内阁票拟后，应该皇帝审批，而到了后来皇帝都很不敬业，这一任务就交给了宦官批红。所以后来的官宦中的司礼监掌印太监、秉笔太监基本上都权威相当于内阁中的首辅和次辅。宦官内朝，内阁外朝的格局共掌天下的格局基本形成。
4、地方官员层层盘剥，小官不好当。
实际上有学者研究，中国历史上行政效率最好的是秦时制度。中央是三公九卿，地方是郡县制。36郡首长与九卿平级。可以任意平调。地方官员的职责和能力都很强。而延续到明代，由于皇帝们都在加强集权，地方的权利越来越小，被盘剥得越来越利害。地方官员很不好当。县上面有州，州上面有藩台、臬台。藩台主政，臬台主管法制监察。几个州还可能有个巡抚。一个县令要答对很多个东家。所以应该说官制是很乱套的。而且当时的县令的俸银很低，一年就几十两，而每一个东家下来，都要“孝敬”。而哪次孝敬动则上千，多则上万。可想而知，县令怎么办，那就会更加残酷地剥削下面。
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