科研文献资料的高效管理（半世浮生_孤舟独钓原创）
在科研工作中我们需要参考参阅大量的科技文献，通过关键字检索从国内外联机文献数据库中获取的文献通常都是PDF格式的文档，随着工作的开展，硬盘里会积累动辄数十上百篇与科研课题相关的PDF文档。我们通常用分别放置不同文件夹的方式来分类储存这些文献，但是时间一长，要搜寻之前读到过的某篇文献中的特定内容会变得越来越困难，这时就不得不考虑通过手工的方式为自己阅读过的文献资料建立摘要索引。
另外一个问题是当我们自己撰写期刊论文、学位论文、项目申请报告的时候，标注参考文献的引文出处又是一项考验耐性、细心和记忆力的工作。如何高效地建立参考文献列表是所有研究者都会遇到的实际问题。
下图所示是我自己工作中用到的文献，我的PDF文档通过Dropbox自动在线同步的，这意味为不必在家里、办公室、实验室的各台电脑之间用优盘来传输文档，对Dropbox文件夹的所有新增和删改操作都会实时同步到网上，图中的绿色小标是文件已经同步的意思。
一、对PDF文档添加标注
使用新版的Adobe Reader或者Foxit Reader可以在PDF文档中添加附注内容，以Adobe Reader为例，点击工具栏上黄色的“添加附注”及“高亮文本”工具图标即可实现。下图中，先高亮一段文本，然后在黄色背底的高亮文本上点击右键，在右键菜单上选取“打开弹出式附注”项即可添加注解文本。这一功能有助于在阅读文献的时候留下附注痕迹，方便日后的回溯整理工作。下图的例子中我分别给文献标题和摘要部分添加了中文释义。所有的附注工作完成以后，按工具栏上的保存按钮即可连同所有附注内容一并保存在原始PDF文档中。
二、用思维导图组织文献
1．构建文献导图
思维导图（Mind Mapping）是一种图像式思维的工具与及一种利用图像式思考辅助工具来表达思维的工具。使用一个中央关键词或想法引起形象化的构造和分类的想法; 它用一个中央关键词或想法以辐射线形连接所有的代表字词、想法、任务或其它关联项目的图解方式，利用不同的方式去表现人们的想法，如引题式，可见形象化式，建构系统式和分类式，普遍地用作在研究、组织、解决问题和政策制定中。一个思维导图有着中心话题并有沿伸开来的子话题的图标，像一棵树一样，其视觉结构使得很多人的学习更加高效。
本文介绍一款专门为研究者设计的思维导图工具Docear（官方读音：dog-ear），其前身是SciPlore MindMapping。Docear是开源软件，可供免费下载，支持Windows、Linux和Mac OS用以图形化的方式对文献进行可视化管理，软件详细操作指南参见用户手册页。Docear可以监视一个文件夹内的新文件。利用这个特点我们可以将所有的PDF 文件在思维导图中列表。无论何时在网上发现一个新的PDF 并存储到硬盘上，就会立即显示到既有的思维导图中。
安装完毕以后，选取“文件”菜单的“新建”项开始建立新的思维导图。点击画面中央的“新建思维导图”，在鼠标右键菜单中选取“Monitoring”—“add monitoring folder”，即弹出“Save Map”窗口，为新建思维导图设定文件名并保存后，弹出“Choose a directory with PDF Files”对话框，选择存放文献的文件夹即可。下图所示为思维导图的折叠（Alt + Page Up）到最后一级分支，直接对应我的子文件夹名。
展开（Alt + Page Down）所有节点以后，画面会表现为一张很大的图表。从下图中可以看到，第二级节点对应的是文献文件名，而第三级节点因PDF文档的结构不同有所区别，某些PDF文档的内部结构（标题、作者、段落以及图注等）也能被展开。注意下图中的中文部分是我在上文中添加的PDF附注，这意味着我们阅读文献的过程中在PDF文档中添加的重要附注能够全部包含在Docear所生成的思维导图中。
2．重新组织文献组织结构
鼠标点击导图中心位置的“新建思维导图”，按键盘上的“Insert”键即可插入新的节点，本例中将新节点命名为“早期预警”，然后通过右键菜单的剪切、复制、粘贴等功能将原先位于其他节点下的文献移动到新建的“早期预警”节点下。通过这一操作，研究者可以自如地重新建立文献的组织结构，同一篇文献可以出现在两个不同方式（或主题）组织方式的节点下，比如我们可以通过文献的内容、类型、重要性、已阅未阅等等分类方式组织自己的文献结构，比起用文件夹方式组织的文献的方式具有不可比拟的优越性。
3．其他功能
如果你在文献阅读中添加了新的附注内容，也可以导入到现有的思维导图之中，在导图中点击对应文献的节点，在右键菜单中选取“PDF”—“Import new annotations”即可完成操作。
在文献节点的右键菜单上选取“Edit note in dialog”即可在弹出的小窗口中为该文献添加注释，该注释仅保存在思维导图中而非PDF文档中，添加的注释在思维导图中具有悬停效果。
三、获取文献引用信息
在撰写论文或者项目申请书的时候，都需要注明引用文献的来源出处，假如平时工作中没有做好整理索引那将会是一件让人沮丧的事情。本文介绍的方法是在检索下载文献的同时，自动完成文献引用信息的获取和整理工作。用到基于Firefox浏览器的免费软件Zotero，Zotero作为Firefox的插件，在进行联机文献检索的时候协助完成文献相关的作者、摘要、期刊、会议、卷、页、日期等信息的自动获取。Zotero支持列表中所有联机文献数据库，另外还可以在Amazon上直接获取书籍的相关信息，这个页面以视频片段的形式罗列了Zotero的操作要点，帮助用户快速掌握其操作要点。
1．软件安装
首先需要下载安装Firefox，my favorite web browser！完成以后运行Firefox，在Firefox的地址栏输入Zotero的下载地址，在打开的页面中点击“Zotero 3.0.3 for Firefox”，Firefox会自动执行安装过程。安装完成以后Firefox的右下角会出现Zotero图标。
2．软件使用
用Firefox打开文献检索页面，如下图所示为IEEE Xplore，检索工作与一般的操作并无二致，通过关键词筛选感兴趣的文章条目，然后打开目标文献详细信息页面准备下载PDF文档。注意这是浏览器地址栏的右侧会出现一个白色的类似文档条目的小图标，如下图所示，位于红色线框中央，绿色小伞图标的左侧，将鼠标移动到这个白色小图标上面会出现“保存到Zotero”的提示。
点击这个白色图标，稍过片刻浏览器右下角会出现“保存条目…”的提示框，这意味着包括摘要在内的本篇文献的相关信息已经采集到Zotero中了。点击Firefox浏览器右下角的“Zotero”图标会在浏览器下方打开Zotero的窗口，里面罗列了已经收集好的所有文献信息条目。
另外也可以选择下载安装Zotero Standalone版本，这时Zotero将独立于Firefox运行。
3．导出文献引用
这是Zotero最精彩的部分。用Ctrl+鼠标左键在Zotero主窗口列表中多选需要导出的文献，在右键菜单中选取“由所选条目生成文献目录…”，这时会弹出一个小窗口，在“引文样式”中选择“IEEE”，在输出格式中选择“复制到剪贴板”，如何“OK”返回。这时我们将剪贴板上的内容复制到包括记事本、Word在内的任意文本编辑工作中，稍作整理，就能得到符合IEEE发表规范的标准文献引用信息。
4. 不足
目前Zotero对国内的中文文献数据库支持得不好，对“中国知网”的支持不完整，存在缺漏数据的问题。而叫人可气的是“维普”本身居然不支持Firefox，所有Zotero也就免谈了。
四、Zotero与Docear协同工作
将Zotero获取的文献信息导入Docear，使文献的基本信息成为Docear中文献节点的属性，以便研究者只需打开文献思维导图，就可以获取包括摘要在内的文献全面信息。
首先在Zotero主窗口中选定需要导出到Docear中文献列表，选取“File”—“导出库…”，即弹出“导出…”窗口。在“格式”下拉框中选择“BibTeX”，勾选“导出笔记”，“OK”后要求输入导出的BibTeX文件的保存路径，此时建议将路径设为“用户路径\docear_workspace\_data\profiles\default”（这个路径是Docear安装时由用户设置的数据目录），保存的文件名为docear.bib，这一步操作其实是用Zotero导出的文献引用数据替换了Docear的默认文献引用数据。这时Docear右侧的“Reference”窗口会提示“The file ‘docear.bib’ has been modified externally!”，点击“Review Changes”按钮，在弹出的窗口中点击“OK”即完成文献相关信息的导入操作。
将Docear右侧“Reference”窗口的文献信息拖动到思维导图中对应的文献节点上就可以实现关联（如下图所）示，文献相关信息作为文献节点的属性而存在，并跟随文献所有的剪切、复制、粘贴的操作。
五、后记
鸣谢上海大学计算机学院陈怡海副教授对博主的大力支持。这篇文字只涉及了Docear和Zotero这两款软件比较重要的功能，加之博主水平有限，疏漏在所难免，感兴趣的读者可以从软件官网获取详尽的操作指南。另外这两款软件本身也在不断完善之中，希望更多用户的反馈能帮助软件开发者创作更好的作品，同时对他们的无私奉献表示感谢。最后希望这篇小文能对博硕士研究生以及科研工作者有切实的助益。本文原创，如需转载请保留原博客地址，谢谢。
六、本文涉及的软件列表
Dropbox （网络存储与数据同步）
Adobe Reader （PDF文档阅读）
Foxit Reader （PDF文档阅读）
Docear （文献组织与整理）
Firefox （网页浏览器）
Zotero （获取文献信息）