袁崇焕不杀毛文龙，明朝的情况会好很多，但决不会安然无恙。
一，明朝的主要问题是内部问题。每个朝代都经历建立、强大、衰亡三个阶段，明朝此时已经建立200多年，处于最后的衰亡阶段。
明朝后期已经阶级固化，土地的私有化已经完成，明初建立的种种制度混乱不堪。士大夫、地主阶级为了维护自己的利益，无所不用其极。对下贪污腐败，对上隐瞒财富以少交税赋。这情况下，政府的工作效率自然极为低下。
成化年间，长白山一带的女真人只是抢劫一些牛羊，政府就立马做出反应。不仅自己派出大军，还要求朝鲜出大军协助，以雷霆万钧之势对女真人犁廷扫穴。（此时明政府的工作效率之高，令人叹服。）
到万历后期努尔哈赤崛起时，明政府的工作效率已经不行了。1583年，努尔哈赤以13副铠甲、数百部众起兵，开始了统一女真各部的战争，到1616年努尔哈赤统一女真各部并建国称汗，明朝中央对此毫无察觉。1618年，努尔哈赤以“七大恨”起兵在辽东半岛攻城掠地，明朝才被迫做出了反应。
从1583年到1618年，中间隔了35年。在整整35年的时间里，明朝中央政府竟然对努尔哈赤的事情一无所知。可悲的是，1615年努尔哈赤建国前夕，蕲辽总督还在对中央报告工作的奏章中为努尔哈赤“美言”，说努尔哈赤对大明忠心耿耿。明朝中央如果能早日发现努尔哈赤的情况，再重复一次成化犁廷扫穴即可，哪里会有日后之祸患。
由此，可见明朝腐败衰朽之一斑。
二，财政危机严重削弱了明军的战力，明军因此打不过女真人。
知悉明史的人都知道，明朝时期中国军队的装备处于冷兵器向热兵器转化的过渡时期。明军对传统的弓箭、刀枪已经不感冒，军队对热兵器极为热衷。虎蹲炮、鸟铳、三眼铳已经成建制化的列装，装载火炮的炮车也制造的越来越多。因此，军队对火药、钢铁的需求越来越大，后勤保障的重要性也越来越突出。
冷兵器时代的军费开支以钱粮为主，明朝军队的军费除了钱粮还要消耗火药、钢铁。火铳、火炮的铸造都需要银子。军队开战，就意味着银子如大水一样的流走了。
然而，明朝自万历后期开始就一直财政危机，军队始终没有足够的军费。
明朝的士大夫与富商、地主联合起来，钻法律的空子，想尽一切办法不交税或者少交税。万历年间，经过张居正的铁腕税收改革，政府积累了大量的财富。所以，万历皇帝才有底气发动“三大征”，并都取得了胜利。
张居正死后，税收再次急剧下降。国库再次空虚，居然到了给官员发不起工资、军队断饷的地步。政府和军队的官员可以贪腐，军队中的底层士兵就只能途欢奈何。到天启年间，军队因断饷而哗变的事情就开始屡屡发生。
由于经费不足，火铳、火炮的铸造质量问题很严重，炸膛等事故也是常常发生。对明军熟悉的努尔哈赤对明朝火器质量就很不感冒，认为它还不如弓箭实用。
明朝军队连饷银、装备都跟不上，能打好仗吗？当然了，如果明军军费充足、装备精良，辽东局势怕就是另外的情况了。女真人的弓箭、刀枪，当然打不赢火炮、火铳。
袁崇焕指挥的宁远之战，明军困守孤城。努尔哈赤帅领数量庞大的百战之师，竟然被宁远城头的火炮轰得溃不成军，连努尔哈赤都后背上中了炮伤。（努尔哈赤1月中炮，当时并不严重，还能远征蒙古。到7月时伤口感染，对外宣称“背疽”，不久就死了。）
三，毛文龙对女真的牵制作用，只能是短时间内有作用，时间久就不好用了。
毛文龙的皮岛没有什么产出，后勤保障依赖三个方面：1，发动袭击时，顺手抢劫女真人；2，从朝鲜和明朝运输；3，走私贸易。
起初，努尔哈赤在辽东半岛的汉人区域烧杀抢掠。汉人稍有不慎，就被整村的屠杀。汉人因此仇恨女真人，对女真人进行投毒、袭击等事件层出不穷。