农业部批准发放3个转基因大豆生物安全证书。转基因技术安全问题又一次成为人们争论的焦点。特别是针对转基因食品的问题，社会上存在广泛争论。目前国内对转基因食品有着两个截然相反的阵营，一个是认为转基因食品很安全，跟非转基因食品在安全方面没有任何差别，推广转基因作物的种植， 可以减少农药、杀虫剂、化肥的使用， 降低对环境的污染，同时解决工业生产所带来的众多环境问题。与此形成鲜明对照的是，反对转基因食品的人认为转基因食品可能会造成食品的安全问题。他们担心转基因食品会造成人体健康的问题，也可能造成环境方面的问题，一些极端的反对者的言论几乎把转基因食品妖魔化了，认为转基因“灭族灭种”。
利用DNA重组技术使人们可以按照预想的目的将外源基因转入受体生物基因中，从而对受体生物醒转进行定向改良。这样的得到的生物即为转基因生物，利用转基因生物生产的食品即是转基因食品。转基因食品与传统食品最大的区别在于它是利用基因工程技术获得，含有理论上可以来源于任何生物的外源基因，使得不同物种基因间由于生殖隔离而形成的界限被完全打破。
现阶段全球大面积种植的商业转基因作物主要有两种：耐除草剂作物和抗虫害作物。
耐除草剂作物是最常采用的商业转基因技术。通过转基因的手段，可以使作物对有毒化学物质变得不敏感。一般来说，除草剂能抑制植物生长所需要的酶，使得植物无法生产关键的蛋白质，最终造成植物死亡。以全球销量最高的除草剂草甘膦（glyphosate）为例，它能够抑制EPSP合成酶（一种能够催化3-磷酸莽草酸产生EPSP的酶，这一催化步骤是植物合成一些必需氨基酸如色氨酸的关键步骤），使得植物无法生产它需要的蛋白质，最终导致枯萎死亡。如果农作物能够抵抗草甘膦一类的除草剂，这样在使用除草剂的时候就不会担心对农作物的伤害。1980年代，孟山都公司（Monsanto）通过研究发现了一种能够耐受草甘膦的细菌，随后通过科学家们的不断努力，终于将相关基因植入玉米。这样就产生了使用除草剂草甘膦却不影响植物EPSP合成酶工作的作物。
虫害每年都会造成农作物大量减产，比如说，如果不采取任何控制措施，全球每年将损失35%的棉花产量。传统的虫害控制是一笔大生意，杀虫剂的销售每年会给相关厂商带来数十亿美元的收益。不幸的是，随着时间的推移，害虫会对杀虫剂产生抗性，这样农民就不得不使用更大的剂量。这样农民不但增加了成本，还增加了农产品的安全风险，并使大量有毒化学物质流入到了环境中。那么，如果植物能够自己产生杀虫剂，因大量使用杀虫剂带来的各种问题不就解决了吗？这就需要使用转基因技术。科学家研究了许多种手段，现在应用于生产的是一种叫做Bt作物，这种作物植入了苏云金杆菌（Bacillus thuringiensis 简称Bt）的基因，因而可以产生苏云金杆菌杀虫剂。苏云金杆菌从20世纪20年代起就用于害虫的防治，是一种微生物杀虫剂。当害虫咬嚼庄稼，同时摄入苏云金杆菌时，这种杀虫菌在生长发育过程中产生芽胞并形成一种蛋白质毒素，可以破坏害虫的消化道，引起食欲减退，行动迟缓、呕吐、腹泻，最终使害虫一命呜呼。这样一来就不用再喷农药了。现在，已有包括烟草、番茄、土豆、棉花、玉米在内的多种作物可以采用这种技术。
通过上述两种商业转基因技术改造的作物被称为第一代转基因作物。近年来，已发展出被称为第二代转基因作物的品种，如登上过时代周刊封面，并在中国引起广泛争议的“黄金大米”。第二代转基因技术对作物进行了更为复杂的改造，同时也采取了完全不同的研发模式，但还没有进行大规模商业化生产。增加产量、减轻劳动投入，是农业发展的必然方向。而转基因，是目前最现实可行的途径之一。从长远来看，转基因技术应用于食品生产将不得不是大势所趋。联合国粮农组织评估认为到2050年时，全世界至少需要增产40%的粮食。而在未来的25年内，耕地面积的不断减少，全球气候变化以及生态环境的恶化对食品供应产业的影响是巨大的。世界最主要的三大粮食作物：大米，小麦和玉米的主要生产国都是那些最容易受到气候变化影响的国家，由于极端气候造成减产的事件也不断增多，损失也越来越大。自转基因作物首次商业化以来，已经过去了近二十年，转基因作物大大增了农作物的产量（折合约$98 billion），减少了农药的使用（约4亿7千3百万公斤）。
从现在转基因技术的应用来看，转基因农作物已经越来越多。全球最大的转基因农作物生产国为美国，然后依次是巴西、阿根廷、加拿大、印度和中国。截止2012年，28个国家种植了转基因作物，总量达到1亿700万公顷。中国种植的转基因作物主要为转基因棉花。如果从食品原料的角度来讲，我国消费最多的为转基因大豆，基本上都为进口。市场上销售的大豆油和部分调和油基本上都使用了转基因大豆，主要是益海嘉里旗下的金龙鱼（约占40%市场份额），中粮旗下的福临门（约占30%市场份额）。进口的除大豆以外，还有油菜籽和玉米及相关产品，国内生产的有棉籽油和番木瓜。
其次，安全本就是一个无法完备证明的命题，安全本身也没有绝对的定义标准。这个对任何事物都是成立的，转基因作物当然也不例外。安全只能是在给定的检验标准下才有意义。转基因作物到目前为止，和其他任何作物相比，没有任何可检验到的额外风险。这就是对于转基因作物的共识。
最后，人类改变作物的基因其实是一贯的。人类一直在努力让作物表现符合人类需求的性状，淘汰去除那些不符合需求的性状。任何性状的改变，背后都是基因的改变，要么基因突变，要么基因重组。改变作物基因并不是从转基因才开始的。甚至可以说当人类开始选择种子的那一刻，你就在认为的对作物基因做出筛选。而自然无意识，基因突变是随机的不可控的。也不存在比人为突变更好的“自然的基因突变”，相反自然的突变反而大概率是有害的。我一直希望那些质疑转基因作物安全性的人，认真思考一个问题，为什么你就对转基因如此放不下，仿佛其他育种方式天生就是安全的，只有转基因十恶不赦，这个想法到底从哪冒出来的？谁能告诉我？