得看三方协议当初签订的时候是否约定由违约金，如果约定有违约金则需要交违约金，如果没有约定违约金，则不需要交违约金。
签了三方协议，已经到单位报到，但还没有签劳动合同，劳动者辞职需要交违约金，劳动双方受三方协议的约束，劳动者和用人单位签订劳动关系后，劳动者再依法提出解除劳动关系，通常可以不需要支付三方协议规定的违约金，劳动双方签订劳动合同后，三方协议失去作用，按照劳动合同执行。
劳动合同没有签，就不叫辞职，叫做违约，即违反三方协议，三方协议签订时若约定了违约金，则需要交违约金。
劳动者只是与公司签订三方就业协议，但拿到毕业证后，公司仍然不签订劳动合同的，劳动者可以申请辞职，而且就业协议属于一般合同，不属于劳动合同也不受劳动合同法调整，约定的违约金是有效力的。
扩展资料：
三方协议是《普通高等学校毕业生、毕业研究生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。
三方协议在毕业生到单位报到（凭《全国普通高等学校本专科毕业生就业报到证》或《全国毕业生研究生报到证》）、用人单位正式接收后自行终止。
三方就业协议书不同于劳动合同。
三方就业协议书是国家教育部统一印制的，主要是明确三方的基本情况及要求。
三方就业协议书制定的依据是国家关于高校毕业生就业的法规和规定，有效期为：自签约日起至毕业生到用人单位报到止的这一段时间。
而劳动合同是受《劳动法》和《合同法》的限定和保护，用人单位如许多外企在确定录用时（注：在到用人单位报到前），就同时要求和毕业生签订一份类似劳动合同的协议；而更多的用人单位则要求先签“就业意向书”，毕业生报到后再签订劳同。
就业协议是三方合同，它涉及学校、用人单位、学生等三方面，三方相互关联但彼此独立。
而劳动合同是双方合同，它由劳动者和用人单位两方的权利、义务构成。毕业生签订就业协议时仍然是学生身份，但是签订劳动合同时应当是劳动者身份。劳动合同一经签订，就业协议的效力应当丧失。若劳动合同与三方协议附件内容矛盾，则以劳动合同为准。
参考资料来源：中华人民共和国教育部-北京高校应届生就业必知的15个名词解释
参考资料来源：中华人民共和国教育部-应届生就业必知15提示一览表
参考资料来源：百度百科-全国普通高等学校毕业生就业协议书