2003年7月与学校领导一起筹建人大附中网校，并担任第一任网校校长。组织人大附中网校平台的研发、仁华学校和人大附中初高中课件的开发和推广工作。
2006年担任学校现代教育技术研究与发展中心主任，并兼任学校科研办公室主任。作为课题执行负责人，承担研究的主要国家级课题如下：
1、教育部“十五”重点课题“中国网上教育平台试点工程”；
2、国家“十五”重大科技攻关计划“网络教育关键技术和示范工程”项目——中学教育示范工程；
3、CNGI示范工程2005年研究开发、产业化及应用试验项目：基于IPV6的国家基础教育网格应用示范。
4、“国家‘十五’重大科技攻关项目：基于国产基础软件的B/S架构多媒体系统研发及应用示范”项目。
5. 国家信息化试点工程项目：基础教育信息资源开发与服务试点工程 2006年下半年圆满地完成了“十五”国家重大科技攻关课题——中学教育示范工程各项任务及目标，取得了丰硕的成果，其中有3项被教育部鉴定为科技成果，15项获得软件著作权。该课题针对我国中学网络教育实际情况，充分发挥各参与单位所拥有的特色课程等的优势，研制完成了数字化校园、网上联合中学平台和中学生知识库基础平台，为学生、教师之间进行交互式、协同式教学和学习提供了平台，为其它中学开展远程教育提供了示范，为今后推广中学网络教育积累了经验，推动了信息化技术在基础教育中的应用。专家组一致认为：该课题工作量大、任务重，全面完成了课题任务书规定的内容和指标，并在系统功能、资源建设等方面部分超出了任务书要求，成果在中学的示范和应用方面具有开拓性和创新性。
2006年承担了“基于IPV6的国家基础教育网格应用示范”课题，这个课题属于国家发改委等八部委联合下达的中国下一代互联网CNGI示范工程项目。本项目的开发目标是，在人大附中建立IPv6试验网格的骨干节点，以该骨干节点为中心，向全国辐射，建设若干应用示范节点；实施基于IPv6的基础教育网格应用示范工程，实现基础教育资源的大规模共享和远程协同教学；面向国内外中小学师生，提供有中国特色的基础教育网格服务。为了更好地完成国家基础教育网格应用示范课题，以研究促进应用，以应用推动研究，实现对全国各地的优质基础教育资源的集成和共享。
2005年至今，担任国家基础教育资源共建共享联盟秘书长。联盟是由教育部科学技术司、人大附中、清华大学、国家图书馆、北京理工大学、长沙一中共同发起成立的。发展至今，已有4000多所学校加盟。
联盟在资源共建共享中的独特性的作用主要体现在下面几点：
1．坚持公益性。联盟是公益性的非营利组织，收集整理了基础教育领域内优质的教育资源，特别是中小学校一线的教育资源。任何学校个人都可免费使用联盟平台上的资源。
2、开放性。联盟初建的基本思想就是开放，任何学校和个人只要具备上网条件，都可以免费申请成为联盟会员，使用网上全部教育资源，同时也可以把自己的资源上传到网络与他人共享。
3．机制创新。联盟创建了在政府支持下，充分发挥名校作用，吸纳企业参与的共建机制——由地方教育主管部门支持、人大附中主办、正保远程教育集团提供技术支持、联盟校共建共享教育资源。这样的机制有助于整合各方资源，使联盟的运作有资金支持和技术保障。
4．技术创新。联盟不断引入最新的网络技术，比如IPV6技术，网格技术，移动应用技术等实现对全国优质教育资源的集成和共享，实现联盟学校校校有节点；班班有群组；人人有空间；资源能共享；宏观有管理的模式。
5．开发名校资源。人大附中联合上海师大二附中、长沙一中、哈三中等39所知名学校开发优质网络资源，包括：小学至高中常规课程资源；经济、第二外语、创造发明、音乐美术等校本特色课程；小学到高中理科动画实验。这些名校的教育资源惠及了更多的学生。
6．地方教育主管部门支持。甘肃、河北、青海、陕西、山西等省教育厅积极遴选推荐学校加入联盟。积极组织本地学校使用联盟网资源。 王军的思想开放，具有创新能力。他工作专心，认真。是一位优秀的教育工作者。
