《名侦探柯南》黑衣组织中其实也没几个卧底了，因为有很多都已经被解决掉了。现在已经确定是卧底的，并且还活着的目前只有三个人，分别是：
赤井秀一。真实身份为美国FBI特工，化名“诸星大”而潜入组织进行卧底工作。曾经在组织里获得了很高的地位，并被授予了“莱伊”的代号。（黑衣组织里只有高级成员才会被授予代号）三年前因为一次抓捕行动中不慎身份暴露，只能被迫离开组织。
本堂瑛海。真实身份为美国CIA特工，化名“水无玲奈”而潜入组织进行卧底工作，黑衣组织代号“基尔”。
降谷零。真实身份为日本公安警察，化名“安室透”而潜入组织进行卧底工作，黑衣组织代号“波本”。关于他的描述，波本是一个很厉害的侦探，在组织里专门从事情报收集工作。
另外有疑似卧底的人，一共有三个人，分别是：
贝尔摩德。真名克丽丝·温亚德，黑衣组织代号“贝尔摩德”，掩护身份为美国百老汇演员。贝尔摩德因为工藤新一和毛利兰在纽约时救过她一命，所以一直心存感激，曾经多次私底下放走柯南，或提供黑衣组织的少量情报给柯南。目前没有明确证据证明贝尔摩德是卧底，但她是卧底的可能性很高。
伏特加。真名不详，黑衣组织代号“伏特加”，是琴酒的搭档。伏特加表面上是个四肢发达头脑简单的家伙，目前也没有明确证据证明他是卧底。但是琴酒会选择他作为搭档，肯定是伏特加有什么过人之处，只不过我们还不知道而已。
琴酒。真名不详，黑衣组织代号“琴酒”。在《与黑衣组织的再会——决死篇》中，琴酒疑似发现柯南身份，但是他却没有任何反应。不过琴酒杀了很多人，做尽坏事，因此就这一点来讲他是卧底的可能性很低。
赤井秀一。真实身份为美国FBI特工，化名“诸星大”而潜入组织进行卧底工作。曾经在组织里获得了很高的地位，并被授予了“莱伊”的代号。（黑衣组织里只有高级成员才会被授予代号）三年前因为一次抓捕行动中不慎身份暴露，只能被迫离开组织。
本堂瑛海。真实身份为美国CIA特工，化名“水无玲奈”而潜入组织进行卧底工作，黑衣组织代号“基尔”。
降谷零。真实身份为日本公安警察，化名“安室透”而潜入组织进行卧底工作，黑衣组织代号“波本”。关于他的描述，波本是一个很厉害的侦探，在组织里专门从事情报收集工作。
另外有疑似卧底的人，一共有三个人，分别是：
贝尔摩德。真名克丽丝·温亚德，黑衣组织代号“贝尔摩德”，掩护身份为美国百老汇演员。贝尔摩德因为工藤新一和毛利兰在纽约时救过她一命，所以一直心存感激，曾经多次私底下放走柯南，或提供黑衣组织的少量情报给柯南。目前没有明确证据证明贝尔摩德是卧底，但她是卧底的可能性很高。
伏特加。真名不详，黑衣组织代号“伏特加”，是琴酒的搭档。伏特加表面上是个四肢发达头脑简单的家伙，目前也没有明确证据证明他是卧底。但是琴酒会选择他作为搭档，肯定是伏特加有什么过人之处，只不过我们还不知道而已。
琴酒。真名不详，黑衣组织代号“琴酒”。在《与黑衣组织的再会——决死篇》中，琴酒疑似发现柯南身份，但是他却没有任何反应。不过琴酒杀了很多人，做尽坏事，因此就这一点来讲他是卧底的可能性很低。