赤井秀一。美国FBI高级搜查官，受命潜入黑衣组织进行卧底活动，并在黑衣组织中获得了相当高的地位，在剧中曾提到地位与琴酒相同，黑衣组织代号“莱伊”。但赤井秀一在一次行动中不慎被FBI的同行队友无意之中暴露了身份，被迫退出组织。
水无玲奈。真名本堂英海，美国CIA特工，受命潜入黑衣组织进行卧底活动，黑衣组织代号“基尔”。水无玲奈在一次行动中不慎被FBI抓获，尔后被FBI发现卧底身份，为了保护她，FBI将其重新打入黑衣组织内部。
安室透。真名降谷零，日本公安警察，受命潜入黑衣组织进行卧底活动，黑衣组织代号“波本”。安室透与同为卧底的赤井秀一存在很大的误会和矛盾，两人多次交手未有结果。（注：日本公安不是警察部队，而是属于情报部门，但拥有警察的职能）
英国某间谍。登场于剧场版《纯黑的噩梦》，只出场一次，因身份暴露而被杀害。
德国某间谍。登场于剧场版《纯黑的噩梦》，只出场一次，因身份暴露而被杀害。
法国某间谍。登场于剧场版《纯黑的噩梦》，只出场一次，因身份暴露而被杀害。
苏格兰威士忌。真名不详，日本公安警察，因身份暴露被杀害。安室透的好友，并因为他而与赤井秀一结下怨恨。
另外有疑似卧底的人物：
贝尔摩德。真名克丽丝·温亚德，同时拥有另一个身份“沙隆·温亚德”。表面上是两个人，其实两人都是由同一人扮演。克丽丝·温亚德是美国百老汇著名演员，与工藤有希子是好友关系。黑衣组织代号“贝尔摩德”。目前尚未确定贝尔摩德是否卧底，也不能确定她是不是好人。贝尔摩德曾多次私自放走柯南等人，甚至向其提供黑衣组织的情报；但贝尔摩尔也帮助组织获取众多机密文件。
原佳明。登场于剧场版《通往天国的倒计时》，只出场一次，因窃取黑衣组织的机密文件而被琴酒杀害，死前留下死亡讯息，怀疑是黑衣组织的卧底。