明万历二十九年,努尔哈赤整顿编制,分别以牛录额真、甲喇额真、固山额真为首领。初置黄、白、红、蓝4色旗,编成四旗。万历四十三年增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝4旗,八旗之制确立。
八旗本无高低之分。清军入关前,八旗中的正黄、镶黄两旗由汗王(皇帝)直接统领,其它6旗分别由汗王的子侄统领。惟镶黄旗只属于皇帝一人。镶黄旗内除了皇帝之外.没有其他宗室。稍后,皇权进一步加强,正黄旗与正白旗又归皇帝统属。入关以后,宗室王公皆分隶镶白、正红、镶红、正蓝、镶蓝等五旗,皇子分府全部拨入这五旗。再无入正黄与正白旗的人。如此始有上三旗,下五旗之分。实际上,上三旗与下五旗只是相对于包衣佐领而言的,而与皇族和普通旗人无关。皇室管家内务府三旗的包衣佐领,主要服务于宫廷。下五旗亦设包衣佐领,皆为王府所属,各随其主之旗。八旗中的最高领导人是旗主。早年每旗都有各自的旗主,后来随着皇权的扩大,正黄旗、镶黄旗、正白旗都划归皇帝亲自统领,因此,八旗形成了上三旗和下五旗的格局。上三旗是皇帝的亲兵,下五旗则由各自的旗主掌管。
八旗制度的特点是以旗统人,即以旗统兵。凡隶于八旗者皆可以为兵。实际上,清代兵有常数,饷有定额,随着满族人口的不断增加,并非所有满族人都能披甲,而到后来披甲的人数占满族人口的比例愈来愈小。
实际上八旗中排名第一的却是镶黄旗。因为早在清朝入关之前,清太祖努尔哈赤就是镶黄旗的旗主,所以镶黄旗也被称为头旗,并在此后一直保持了八旗之首的地位。八旗虽然有上三旗和下五旗之分,但对于普通旗人来说,待遇相差不大。最主要的区别在于皇帝挑选宫廷侍卫以上三旗子弟为主,兼收下五旗子弟。