当历史进入中国封建社会末代阶段———清代时,间谍活动也反映出了其独有的特点,即对内严加侦控而对外疏于防范。清王朝虽然废掉了明代的厂卫制度,但对其臣民的侦控较之明代有过之而无不及。康熙、雍正、乾隆三代大行密探(也叫逻察)和密札制度。皇帝直接派出密探或密令各地“各派眼目访缉”,以对臣民“严加伺察”,并大力鼓励以密札形式进行告密,“凡有风闻之事,即行密奏”,一时告密诬陷之风盛行。康熙还派间谍以“织造官员”身份为掩护,前往江宁、苏州、杭州的“江南三织造”,在当地建立秘密谍报站。
清太宗皇太极于明清之际,用间诱降了明军尚可喜、洪承畴等大将,特别是采用高超反间计谋,借明崇祯之手杀掉了一代名将袁崇焕,使明王朝“自坏长城”,走向灭亡。康熙在平叛噶尔丹之乱时,以“神探”淖克浑为间,掌握了叛军详情,一举获得光显寺大捷。
在镇压农民起义军的战争中,清军往往以间谍为“开路先导”,在间杀朱一贵、吴八月等起义军将领时,都是动用了内间策应的方法。尤其在与太平天国军作战时,双方展开了一场激烈的间谍战。陈玉成以陈文效诱间清军,大败“妖九”李续宾;杨秀清捕杀近千名天京城里的清军内间。清军更是无处不用间。天京城内爆发了由清军策划的“张继庚间谍事件”,使太平天国蒙受巨大损失。曾国藩也密令组建“情报采编所”和编纂《贼情汇纂》,以对付太平天国运动。
咸丰年间,朱逢甲撰写了中国古代第一部也是惟一的一部间谍专著———《间书》。它以《孙子兵法》和《李靖兵法》为理论依据,较系统地论述了中国几千年的间谍活动,成为对古代间谍理论进行总结的集大成者,在古代间谍史上占有重要地位。
清王朝对国内的间谍侦察活动绞尽脑汁,不遗余力,但对于来自国外的间谍活动则掉以轻心,疏于防范。
康熙年间,沙俄多次派间谍以“使者”身份前往中国,以仔细研究通往中国的水路,“测量北京城墙数据”、“探知中华帝国军事实力和物资资源”。雍正年间,叶卡捷琳娜一世以祝贺雍正登基为名,派间谍沿途“竭力搜集中国边境情报并绘制地图”。沙俄还以“科学队”、“探险队”和“东正教布道团”为幌子,频繁出没中国边疆刺探情报,盗窃或绘制中国地图。第二次鸦片战争时,掌握了中国海防详细情报的沙俄间谍竟然充当英法联军的向导,致使北京门户大沽口炮台陷落。
此外,像英国的“马戛尔尼使团”;东印度公司的“阿美士德间谍船”;设在中印边境的“蒙哥马利间谍训练营”及派往西藏的“朝圣者”;法国的“耶稣会”驻京公使馆;日本的“乐善堂”和“日清贸易研究所”等,都从四面八方对中国进行了大量的猖獗的间谍活动,为侵略中国的殖民战争做了大量充分的战前准备。
但是,腐败的清王朝对此却充耳不闻,视而不见。虽然在一些有识之士“警惕内勾外引”的大声疾呼下,也进行了像广西捕获缅甸间谍、允许杨光生发表《不得已》和《辟邪论》、支持林则徐“禁鸦片,除内奸”等反间谍活动,但都由于清王朝“天朝上国”的陈腐观念而对间谍情报活动不予重视,以致根本无法继续展开,甚至遭到干扰和压制。
清王朝这种“内战内行,外战外行”的腐朽本质,终于导致了帝国列强大规模的入侵。清代统治者为了挽救覆灭的命运,于宣统年间,仓促组建了军谘处第二厅,以负责对外反间谍活动。然而此时已为时过晚,回天无力。中国封建社会的最后一个朝代在军谘处第二厅成立仅半年后,便走到了尽头,彻底地覆灭了。五千年中国古代间谍史也因此划上了最后一个句号。