清时，鉴于明朝间谍特务机构祸乱朝纲的教训，"易锦衣为銮仪"，做为仪仗机构，但还是没有完全摆脱厂卫的阴影，"銮仪卫"依然"有缉事员役在内院门首，访察赐画"的侦察特权。另设有"察院"，其职责为"专司京师访缉逃盗，稽察奸宄等事"。后来因为给事中张国宪上疏力陈请"罢缉事员役"，銮仪卫才被取消秘密侦察的特权。
清代虽然没有正式公开的间谍机构，但是统治者对臣民的侦控丝毫不亚于前代。其主要方法有二，即：皇帝亲自派遣心腹侍卫外出从事间谍活动及施行密折制度，形成了有间谍活动之实无间谍机构之名的特殊用间形态。
雍正皇帝在这两点上最下功夫。他设置"观风整俗使"，去各地侦探督抚的情报，又派心腹侍卫(也叫"逻察")在京城内外到处秘密行动，窥察臣僚的一言一行。譬如广东布政使王士俊、抚远大将军年羹尧和直隶总督李绂等，离京赴任时，雍正都密遣"逻察"扮作"忠愚之随从"或"厚道之仆人"，与其同行，对其进行跟踪侦察。不过，雍正用间的思想似乎借鉴于李靖的"间所以能成功，亦有凭间而倾败"的思想，他仅仅给予"逻察"以暗察权，但不赋予拘杀特权。以至造成他既相信间谍但又不重用间谍的状况。他派甲间谍去侦察别人，又派乙间谍去侦察甲间谍，从中筛选出真实的情报。由于皇帝派出的密探人员不足以遍布各地，所以皇帝便常常专谕各地督抚派遣间谍以弥补不足。尤其是对付民间秘密结社，曾多次采用"每一州县各派眼目一人访缉"的用间方式。
"密折言事"制度始于康熙，盛行雍正、乾隆。雍正曾亲自制定科道官员实行密折言事的制度："各科道每日一人上一密折，轮流具奏，一折止言一事，无论大小事务，皆许据实敷陈，即或无事可言，折内亦必声明无言之故。"这样，就把间谍职责寓于各级政府官员的职能之中，形成了一张巨大的密察密奏之网，牢牢地监控着中央与地方的各级政府机构。即使是"风闻之事"，也必须"即行密奏"。康熙时，为了绝对控制臣民，康熙不但鼓励密折制度，还将心腹"逻察"派往江宁、苏州、杭州的"江南三织造署"，使其成为皇帝直接设立的三个秘密情报站。
由于密折制度要求各级官吏按规定频频上奏，所以官吏们后来实在无事可奏时，或海阔天空泛泛而谈，或鸡毛蒜皮敷衍了事。康熙曾就此埋怨道："设立科、道官员，特为参奏政事，今观都御史以至科、道，条奏者甚少"；"近时言官奏疏寥寥，虽间有人奏，而深切时政从实直陈者甚少。"雍正为了鼓励密折上奏和严格密折纪律，曾规定："凡有密奏，密之一字，最为切要。臣不密则失身，稍有疏漏，传播于外，经朕闻之，临贻害于汝非浅，追悔亦莫及矣。"如有泄漏者，不论是有意或无意，"概照泄漏军机律治罪。"
清咸丰年间，清王朝为了镇压对付太平天国，又成立了"情报采编所"。当时湖北巡抚衙门的低级巡捕官张德坚，经过长时间、多方面的明审暗察，获取了太平天国的众多绝密情报。于是他又将其分门别类，编成了一册有关太平天国的情报汇编，但未引起上司的重视。直到张德坚托人辗转攀附上湘军头领曾国藩后，才被曾国藩看中。于是曾国藩下令由张德坚负责组建了一个专门对付太平天国的情报采编所，编辑了一本《贼情汇纂》。《贼情汇纂》有十二卷，起迄时间为1805年至1856年，对太平天国的主要首领、制度、宗教、文化、兵员成分、军队数量、根据地和物资储备等情况，都搜集了大量的情报，而且极为详细准确，"彼(太平天国)中一举一动，纤悉靡遗"。书后又有大量附录和有关太平天国文告、印信、服饰、旗帜等附图。《贼情汇纂》编完之后，情报采编所也便自行解散了。
清道光年间，各帝国列强频频派间谍前往中国大肆进行侦察活动。1832年，英国东印度公司派遣"阿美士德"号间谍船在中国沿海以从商为名，在停泊的海域内，测量水道、海湾，绘制航海图。1880年，日本人山县有朋上呈给日本天皇的《邻邦兵备略》，就是根据间谍在中国刺探获得的情报所编纂的。1886年，日本人在汉口建立的"乐善堂"就是日本间谍中心，此后又扩展到了北京、天津、重庆、长沙等地。"乐善堂"头目荒尾精在上海成立的所谓"日清贸易研究所"，则是彻头彻尾的间谍大本营。1893年，日军参谋次长川上操中将也悄悄潜到朝鲜的釜山、仁川和中国京、津、沪、南京等地，重点窥探清军的军备、士兵、训练、军队装备和地形地貌等，为不久爆发的甲午战争准备绘制了朝鲜、中国东三省和渤海湾的详细军事地图。清政府对俄、英、法、德、日等国间谍以"商人"、"探险家"、"传教士"等身份为掩护从事的间谍活动，竟无丝毫提防察觉，直至鸦片战争、甲午战争爆发后，才知大事不好。于是在清末，成立了中国历史上第一个近现代的间谍机构--军咨处第二厅，专门负责对外各国的间谍与反间谍活动。该厅组织严密，分工明确，共设有五个科，以具体进行的间谍与反间谍国别进行分科。第一是日本、朝鲜科；第二是俄国科；第三是英国、美国及使用英语国家科；第四是德国、奥国及使用德语国家科；第五是法国、意大利及使用法语国家科。
军咨处第二厅主要职责是对外反间谍，对内的间谍机构不见于文献，但其间谍活动依然是遵循康熙开创的"逻察"和"密折"制度，摇摇欲坠地一直维持到清王朝的彻底覆灭。