法律分析：合法有效的分开各立门户，是符合家庭联产承包责任制主体条件。双方既然想分开确权，想必肯定是协商无异议后，才做出的决定。当然这是要依照二轮土地承包合同档案上的，地块，亩数，无差异前提下。来确定分开确权的耕地亩数在分前和分后的一致性。然后向村集体申请，经确认后，可以办理确权的相关事项程序。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》 第十六条 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。