法律分析：一、预售时的差异：首先是预缴（征）计税依据的差异。其次是预缴（征）范围的差异。最后是预缴（征）率的差异。
二、交房时的差异：预缴增值税的房地产应按适用税率或征收率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后申报纳税，此时计算当期应纳税额的计税依据与预缴增值税的预缴计税依据是一致的。营改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税。也就是说要对土地增值税预征收入进行调整或进行负数申报。
三、清算后的差异：土地增值税实行先预征后清算的制度，清算后预缴增值税与预征土地增值税的差异主要有两方面：第一，“多退少补”规定不同。第二，预缴（征）截止期限不同。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》
第一条 为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条 凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
第四条 法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。