法律分析：合法，只要在合同中约定即可。收取保证金的做法是很普遍的。而且是在合同中明确规定的。乙方必须按合同要求完成工程项目。否则，甲方就会根据合同扣除相应的保证金，作为对乙方违约的惩罚。所以，有真实合同，并实际开工建设的工程，收取保证金不是诈骗行为。对于因合同中约定不明确，导致违约责任不明晰的情况。可以通过协商或诉讼来解决。
法律依据：《中华人民共和国安全生产法》 第十八条 生产经营单位的主要负责人对本单位安全生产工作负有下列职责：（一）建立、健全本单位安全生产责任制；（二）组织制定本单位安全生产规章制度和操作规程；（三）组织制定并实施本单位安全生产教育和培训计划；（四）保证本单位安全生产投入的有效实施；（五）督促、检查本单位的安全生产工作，及时消除生产安全事故隐患；（六）组织制定并实施本单位的生产安全事故应急救援预案；（七）及时、如实报告生产安全事故。