北京海关的组织机构包括多个部门，各司其职，确保高效运行。
办公室主要协助关领导组织政务，负责综合协调各类业务，保证政令畅通，推动日常工作顺利进行。
政治部负责干部人事管理和安全保卫，涵盖党的建设、思想政治工作、基层建设和精神文明建设，以及指导关区的党团工作和教育培训。
监察室是党风廉政建设和反腐败工作的协调部门，负责受理举报、调查违规行为，并维护监察对象的权益，进行法纪、政纪、廉政教育。
财务装备处负责财务预算编制、经费核算等，监督关区财务工作；而督察内审处则负责执法督察和财政收支审计监督。
法规处负责法制建设，包括规范性文件管理、行政复议、知识产权海关保护等，并指导贸易管制商品管理。
关税处主要负责年度税收计划、税收分析、税收征管和原产地确定管理等任务。
监管处负责进出境货物、行李物品等的监管，指导现场工作，解决监管问题，并办理转关运输相关手续。
通关管理处负责海关通关手续协调，电子申报项目管理，以及与外汇、税务等部门的协作，还负责便捷通关企业和滞报金减免的审批。
技术处负责科技工作的规划、开发和保障，而综合统计处则负责数据质量管理与应用。
加工贸易监管处负责加工贸易业务的法规执行和督导检查，单耗管理办公室则参与全国统一标准的研究制定。
进出口商品归类办公室负责全国海关归类监控和商品归类管理工作，稽查处负责进出口货物的常规和专项稽查，风险管理处负责关区风险管理工作。
企业管理处负责企业进出口行为管理和报关单位、报关员的管理，缉私局则负责走私犯罪的侦查与处罚。
不同海关如首都机场、中关村、北京经济技术开发区等，各自负责特定区域的海关监管业务，如空运、保税区、科技园区等。
派驻机构如驻邮局、驻车站等负责特定区域的实际监管任务，而现场业务一处和二处则针对特定的进出口业务进行监管。
此外，还有基建办公室、机关服务中心和中国电子口岸数据中心北京分中心，各司其职，共同保障北京海关的高效运作。
北京海关是中华人民共和国海关总署正厅局级直属海关。它前身为总税务司署成立的“总税务司署驻北平办事处”，由总税务司署中文秘书白理查负责办事处工作。1934年8月10日，在北平东长安街2号正式设立“津海关区长城各口分卡驻北平办事处”，副税务司张勇年负责办事处工作。1943年12月1日改称津海关北京分关。1949年，北平和平解放，2月7日，津海关北平分关被完整接收，名称延用津海关北平关。同年9月，更名津海关北平办事处（建国后改为北京办事处）。1951年1月1日，“中华人民共和国北京关”正式建关。1980年2月，更名为“北京海关”。