（一）办公室。
负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、信访、议案、建议、提案、安全保密、政府信息公开、宣传、外事和接待联络等工作；承担重要事项的组织和督查工作。
（二）综合处（研究室）。
组织研究本市内外贸易和对外经济合作发展战略，组织拟订中长期发展规划和流通体制改革方案；负责内外贸易运行、发展形势的综合分析，提出政策建议；承担综合性调研和综合性文稿的起草工作；协调相关信息、数据的整合、共享工作；负责有关综合性文献的编纂工作。
（三）法制与公平贸易处（世贸组织事务处）。
负责机关推进依法行政综合工作；起草内外贸易和对外经济合作方面的地方性法规草案、政府规章草案；负责行政执法工作的监督、指导和协调；承担行政复议、应诉的有关工作；承担机关行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作；协助承担本市反垄断的相关工作及与对外贸易有关的知识产权保护工作；负责推进本领域的标准化工作；综合协调涉及本市的世界贸易组织有关事务，协助承担本市进出口公平贸易、产业损害调查及产业安全应对工作。
（四）流通规划处。
会同有关部门组织编制本市商品流通和生活服务业（不含住宿业）重点设施布局规划，以及大宗产品批发市场、生产资料交易市场、城市商业网点的规划，提出政策建议，指导、衔接各区县相关规划；组织市级大型商业中心、特色商业街区、大型商业设施项目的论证；负责从事零售业务的外商投资商业企业开设店铺的审核。
（五）流通发展处。
研究提出本市现代流通业发展规划，提出促进流通改革和发展的政策建议，推进流通产业结构调整；组织推进连锁经营、商业特许经营、电子商务等现代流通方式的创新和发展，负责商业特许经营者备案工作；促进社区商业、中小商贸企业和“老字号”企业发展；促进信息技术等现代科技在流通领域的推广和应用；按规定负责直销企业服务网点的确认和核查。
（六）流通秩序处。
承担牵头协调本市整顿和规范市场经济秩序的相关工作，研究提出规范流通秩序的政策措施；管理商业零售经营单位举办的促销活动，指导开展行业服务管理和诚信文明服务活动；参与组织行业质量管理、打击商业欺诈等工作，参与推动商务领域信用建设、建立市场诚信公共服务平台，指导商业信用经营和销售；指导流通领域节能降耗工作。
（七）服务交易处。
承担本市餐饮、美容美发、洗染、摄影、家政、修理等生活服务业的行业管理工作；按有关规定对拍卖、典当、租赁、汽车流通、旧货流通、再生资源回收等行业进行监督管理；监测相关行业运行，提出促进行业发展的政策、建议，研究拟订行业规范、标准并组织实施。
（八）储备调控处（北京市盐务管理办公室）。
监测、分析本市重要生活必需品的市场供求情况，完善市场监测体系，研究提出市场调控的政策建议；组织实施重要生活必需品和重要农用生产资料的政府订货、储备、轮换和投放；负责盐政、盐务和生猪屠宰的行业管理；负责成品油经营许可的管理及原油经营资格审核；组织落实中央及本市重要会议、重大活动的商品供应和服务保障工作。
（九）市场运行处。
研究提出本市消费品、生产资料流通的发展规划和政策建议，监测消费品、生产资料市场的运行情况；推进农村市场和农产品流通体系建设，组织实施农村现代流通网络工程；推进区域商务合作；负责棉花收购、加工企业资格认定工作。
（十）物流发展处。
会同有关部门组织编制本市物流配送重点设施布局规划，拟订相关政策措施并组织实施；负责国际货运代理经营资格备案；协调物流园区的规划和建设，收集、整理本市物流相关信息，促进第三方物流、专业物流和连锁企业物流配送的发展。
（十一）酒类管理处。
研究提出本市酒类流通管理的政策建议；组织实施酒类经营者备案登记和酒类流通溯源制度；监测分析酒类流通信息；协调有关部门加强对酒类流通市场的管理；指导协调区县酒类流通管理工作。
（十二）外贸运行处。
研究提出本市外贸发展规划和政策措施，监测外贸运行情况，协调解决外贸运行中的问题；负责北京地区各类进出口企业的出口退税协调、加工贸易合同管理，协调进出口企业出口收汇核销；负责北京地区各类企业的进出口统计分析；负责本市进出口商品配额、许可证、关税配额、自动进口许可的有关管理；负责部分重要农产品和重要工业品及原材料的进出口管理，以及出口货物原产地证的发放工作；负责天竺综合保税区等海关特殊监管区域的相关行业指导工作。
（十三）外贸发展处。
指导和协调本市对外贸易促进体系建设；指导企业参加境内外各类贸易促进活动，协调落实有关外贸出口政策，负责企业进出口经营资格、在京举办对外经济技术展览会、外国驻京企业外籍人员签证变更等事项的相关管理工作；负责外国非企业经济组织在京常驻代表机构和商会的有关管理工作。
（十四）机电进出口处（北京市机电产品进出口办公室）。
研究提出本市机电产品、高新技术产品进出口发展规划及年度计划，监测机电产品进出口运行情况，协调解决机电产品进出口运行中的问题；推动机电产品出口生产体系建设；优化机电产品进出口结构，组织机电产品出口企业开拓国际市场；执行国家对外技术贸易、进出口管制和鼓励技术和成套设备进出口的贸易政策，推进进出口贸易标准化工作；负责机电产品进口管理，监督进口机电产品的招标活动；依法颁发两用物项和技术进出口许可证件。
（十五）服务贸易处。
牵头拟订本市服务贸易发展规划；承担本市服务贸易促进和统计分析工作；负责推进实施科技兴贸战略和技术进出口合同、软件出口合同（不含国家禁止进出口的技术项目）的管理；会同有关方面拟订并组织实施促进服务外包发展的规划、政策，推动服务外包公共服务平台建设。
（十六）对外经济合作处。
研究提出本市对外经济合作发展规划及政策措施，并组织实施；依法管理和监督对外投资、对外承包工程、对外劳务合作等；拟订本市公民出境就业工作政策，负责境外就业职业介绍机构资格认定、审核和监督检查等工作，承担外派劳务和境外就业人员的权益保护相关工作；依法核准境内企业对外投资开办企业（金融企业除外）、对外经济合作经营资格；负责与国外多双边经济、技术援助及援外项目管理的有关工作；承担对外经济合作统计工作。
（十七）外资发展处。
研究提出本市利用外资的中长期规划及年度计划，拟订外商投资的政策建议，参与协调吸引外资重大项目的确定；负责境内外政府间投资促进机构的联系与交流，指导外商投资促进工作，策划协调重大外商投资促进活动；指导开发区的外商投资工作；负责利用外资的统计分析工作。
（十八）外资管理处（对港澳台经济合作处）。
依法负责本市外商投资企业设立、变更以及外国投资者并购境内企业设立外商投资企业的审批及相关管理工作，指导区县的外商投资企业审批工作；负责国家鼓励发展外资项目的确认和境外跨国公司在京设立地区总部的认定工作；研究本市与港澳台地区经济合作的发展战略，协调处理港澳台地区在京投资项目的有关问题，促进相互的经济合作与交流。
（十九）安全监管处。
负责指导、协调本领域安全生产监管工作，起草本领域安全生产方面的标准和规范；组织开展具有行业特点的安全宣传教育和培训；指导、监督、检查本领域重点单位的安全生产工作。
（二十）财务处。
负责本市商务系统政府扶持项目的计划编制、执行等协调管理工作；负责机关及所属单位的财务、审计工作。
（二十一）人事处。
负责机关及所属单位的人事、机构编制、队伍建设、教育培训等工作；负责全市商业服务业人才工作的宏观管理，引导、推动并组织协调商业服务业人才队伍建设及“老字号”传承人才培养工作。
鉴于口岸工作的重要性和相对独立性，另设4个负责口岸工作的内设机构。
（一）秘书处。
负责有关政务工作；负责文电、档案、信息、信访、议案、建议、提案、安全保密、新闻宣传等工作；承担重要事项的组织和督查工作；负责有关人事、财务等工作。
（二）综合业务处。
研究提出本市口岸的发展规划，起草有关地方性法规草案、政府规章草案；参与拟订口岸基础设施及配套建设计划；负责受理本市口岸和具有口岸功能区域的开放及关闭的具体申报工作；负责北京口岸“大通关”的日常协调督查工作；负责通关统计、分析和作业运行的监督管理。
（三）航空港处。
组织协调首都机场地区精神文明建设和社会治安综合治理；负责航空口岸的综合协调管理及“大通关”工作；参与航空口岸的规划建设及重大活动的协调工作；协调航空口岸与所在区县政府、有关部门的关系以及口岸有关单位之间的关系。
（四）陆港管理处（北京市人民政府口岸办公室丰台货运口岸管理处、北京市人民政府口岸办公室朝阳口岸管理处）。
参与拟订本市陆路口岸的建设规划，负责陆路口岸的综合协调管理及“大通关”工作；参与口岸区域经济发展规划的研究与制定；协调陆路口岸与所在区县政府、有关部门的关系以及口岸有关单位之间的关系。
机关党委 负责机关及所属单位的党群工作。
工会 负责机关及所属单位的工会工作。
离退休干部处 负责机关及所属单位离退休人员的管理与服务工作。
纪检、监察机构按有关规定派驻。
